ما هو جنس فله فصل، مثل الجوهر فإنه جنس وليس له فصل مساو له وأما الحيوان فله فصل مساو له وجنس (ش، ت، 504، 12) - الجوهر يقال على جميع الأجسام البسيطة مثل الماء والنار والهواء والأرض، ويقال على الأجسام التي تتركّب من هذه مثل المعادن والنبات والحيوان وأعضاء جميع هذه يقال فيها إنها جواهر ... لأنها لا تقال على موضوع بل سائر الأخر تقال عليها (ش، ت، 564، 11) - الجوهر يقال أولا على الذي لا يقال على شيء ولا في شيء وتقال عليه سائر الأشياء. وهو الذي يسمّى شخص الجوهر ويسمّيه (أرسطو) في"كتاب المقولات"الجوهر الأول؛ ويحتمل أن يريد"بعلى"معنى فيه. وعلى هذا يشتمل هذا القول على الجواهر الأول والثواني وهي كلّيات الجواهر (ش، ت، 565، 1) - يقال جوهر المعنى الذي به صار شخص الجوهر جوهرا وهذا هو صورته وعلته التي كان بها جوهرا، مثل النفس للمتنفّس وإنما مثّل بالنفس لأنها صورة في جوهر بالفعل بخلاف صور البسائط (ش، ت، 565، 7) - يقال جوهر على الأشياء المتقدّمة بالحدّ على الأمور المحسوسة، أعني أنه يعتقد فيها قوم إنها جواهر الأمور المحسوسة لأن الذهن إذا رفعها ارتفعت معها الأمور المحسوسة، مثل الأمر في الجسم المطلق مع الجسم المحسوس وفي السطح مع الجسم وفي الخط مع السطح (ش، ت، 565، 17) - يقال جوهر على الذي يجاب به في جواب ما هو الشيء في كل واحد من الأشياء، وعلى القول الذي يدل من الشيء على المعنى الذي به كان موجود جوهرا، وهذا جوهر كل واحد من الأشياء (ش، ت، 566، 12) - يعرض أن يقال الجوهر بنوعين: أحدهما الموضوع الأخير الذي لا يقال على غيره، والآخر الذي يدل على هذا الشيء وهو منفصل من الأشياء كصورة كل شيء ومثاله (ش، ت، 566، 15) - ليس للجوهر برهان لأن البرهان هو من الجواهر على الأعراض وليس للجوهر جوهر، ولذلك ليس يوجد للجواهر حدود.

و لذلك ليس يوجد على الجواهر براهين هي حدود متغيرة في الوضع بل إنما يلفى ذلك في الأعراض (ش، ت، 702، 13) - يكون للجوهر دلالة أخرى من غير نوع البرهان يستدل منها على ما هو أو على الوجود. وهذا النوع يحتمل أن يشير (أرسطو) به إلى الأمور المتأخّرة فإنه إنما يوقف على جواهر الأشياء في العلوم الطبيعية من الأمور المتأخّرة أي من الأعراض. وهذه الأنواع من البراهين هي التي تسمّى دلائل. ويحتمل أن يريد بالنوع الآخر من الدلالة طريق التقسيم وطريق التركيب أو جميع هذه، فإن أكثر حدود الجواهر إنما يوقف عليها بهذه الطرق (ش، ت، 702، 19) - لو لم يكن هاهنا جوهر غير الجوهر المحسوس لما كان هاهنا علم أقدم من العلم الطبيعي (ش، ت، 714، 6) - لما كان الجوهر منه مفارق وغير مفارق انقسم النظر في الجوهر إلى قسمين (ش، ت، 744، 9) - إن اسم الموجود يقال على المقولات العشر، وإن الجوهر أحق بذلك الاسم (ش، ت، 752، 9) - إن الجوهر علّة سائر المقولات (ش، ت، 752، 13)