بعد أبي جعفر ولد أخيه عيسى بن موسى بن محمد بن علي وجعل العهد في ثوب وختمه بخاتمه وخواتيم أهل بيته ودفعه إلى عيسى بن موسى فلما توفي السفاح كان أبو جعفر بمكة فأخذ البيعة لأبي جعفر عيسى بن موسى وكتب إليه يعلمه وفاة السفاح والبيعة له فلقيه الرسول بمنزل صفية فقال صفت لنا إن شاء الله وكتب إلى أبي مسلم يستدعيه وكان أبو جعفر قد تقدم فاقبل أبو مسلم إليه فلما جلس والقى إليه كتابه قرأه وبكى واسترجع ونظر إلى أبي جعفر وقد جزع جزعا شديدا قال ما هذا الجزع وقد أتتك الخلافة قال أتخوف شر عمي عبد الله بن علي وشيعة علي قال لا تخفه فأنا أكفيه إن شاء الله إنما عامة جنده ومنت معه أهل خراسان وهم لا يعصونني فسرى عنه وبايع له أبو مسلم والناس واقبلا حتى قدما الكوفة
وقيل أن أبا مسلم هو الذي كان تقدم علي بن أبي جعفر فعرف الخبر قبله فكتب إليه بسم الله الرحمن الرحيم عافاك الله ومتع بك انه أتاني أمر قطعني وبلغ مني مبلغا لم يبلغه منه شيء قط وفاة أمير المؤمنين فنسأل الله أن يعظم أجرك ويحسن الخلافة عليك ويبارك لك فيما أنت فيه انه ليس من اهلك أحد اشد تعظيما لحقك واصفى نصيحة لك وحرصا على ما يسرك مني ثم مكث يومين وكتب إلى أبي جعفر ببيعته وإنما أراد ترهيب أبي جعفر وقال ورد أبو جعفر زياد الله بن عبيد الله إلى مكة وكان عاملا عليها وعلى المدينة للسفاح وقيل كان قد عزله قبل موته عن مكة وولاها العباس بن عبد الله بن معبد بن العباس
ولما بايع عيسى بن موسى الناس لأبي جعفر أرسل إلى عبد الله بن علي بالشام يخبره بوفاة السفاح وبيعة المنصور ويأمره بأخذ البيعة للمنصور وكان قد قدم قبل ذلك على السفاح فجعله على الصائفة وسير معه أهل الشام وخراسان فسار حتى بلغ دلوك ولم يدرك فاتاه موت السفاح فعاد بمن معه من الجيوش وقد بايع لنفسه
وفي هذه السنة خرج في الأندلس الحباب بن رواحة بن عبد الله الزهري ودعا