وهي المكتبة العامة للدولة. وتعرف باسم (الخزانة المتوكلية) نسبة إلى مؤسسها الإمام يحيى بن محمد حميد الدين - نقل إليها مجموعة من كتبه النفيسة التي جمعها وحبسها على هذا الجامع وضم إليها ما كان في خزائن الكتب الموقوفة من قبل فاجتمع فيها ما يبلغ الخمسة آلاف مجلد تقريباً. أكثرها في مصنفات الزيدية وعلوم أصول الدين وغيرها من العلوم العربية والأدبية والتاريخية. وأهم وأنفس ما فيها مجموعة قيمة نادرة كلها من مخطوطات ما قبل القرن السادس الهجري. ولهذه المكتبة فهرس حسن مرتب على الفنون. قام بوضعه وتنسيقه العلامة القاضي محمد الحَجْري - رحمه الله - وقد طبع بمطبعة وزارة المعارف المتوكلية بصنعاء في 342 صفحة.
2 -مكتبة الإمام يحيى بصنعاء:
هذه المكتبة كانت ملكاً خاصاً للإمام يحيى إمام اليمن السابق وقد نسقت تنسيقاً حسناً. ولها سجل مخطوط بمحتوياتها، من وضع القاضي محمد الحجري وبها من المخطوطات ما يزيد على ألفي مجلد أكثرها نسخ مكررة لما هو موجود في مكتبة الجامع الكبير. والبقية تتضمن مجموعة نادرة من المخطوطات. منها سبعة مجلدات من كتاب (( سير أعلام النبلاء، للحافظ الذهبي بخط قديم ) )و (( شرح القصيدة الدامغة للهمداني ) )مخطوطة سنة 623هـ في 184 ورقة [4] .
3 -مكتبة جامع الروضة:
وهذه المكتبة في ضواحي صنعاء معدة لانتفاع الطلبة والعلماء وتحوي مجموعة قيمة من المخطوطات القديمة تبلغ (400) مجلد تقريباً من أهم ما فيها نسخة جيدة من كتاب (( شمس العلوم ) )لنشوان بن سعيد الحميري.
4 -مكتبات تعز:
في تعز عدد من المساجد القديمة أكثرها من عهد الدولة الرسولية التي كانت (تعز) قاعدة حكمها. وفي هذه المساجد مكتبات ملحقة بها. وخاصة مكتبة مسجد الملك المظفر فإن فيها مخطوطات وأكثرها يعود إلى عهد تلك الدولة.
5 -مكتبات زبيد: