كانت هذه المكتبة من أحفل المكتبات في العالم الإسلامي. وقد تعرضت للعبث فقد نقل أمين بن حسن الحلواني آلاف الكتب إلى أوروبا. هي مكتبة ليدن في هولنده، والمكتبة الملكية ببرلين ومكتبة جامعة برنستون. ويشير الأستاذ عبدالله عبدالجبار أن شيخ الإسلام عارف حكمت الله الحسيني جمع ما يقرب من عشرة آلاف كتاب. ولعل من نفائس محتوياتها نسخة من القرآن الكريم مكتوبة على رق نعام بخط أندلسي مذهبة في آخرها. وقد كتبت بخط عبدالرحمن بن علي بن مرزوق بن محمد بن مكانس البطليوسي سنة 488. مما فقد منها، وكان فيها نسخة ناقصة من تفسير القرآن الكريم. لعبدالله ابن عباس على رق غزال كتبت سنة 310هـ. وكتاب المحاضرات للسيوطي بخط المؤلف. وكتاب أسماء الجبال والبقاع المذكورة في أشعار العرب. لم يذكر اسم مؤلفه كتب سنة 1243هـ. وكتاب ذكر المسافات وصور الأقاليم لأبي زيد البلخي. كتب في القرن الخامس الهجري. ويوجد بها نسخه كاملة من كتاب طبقات الشعراء لابن سلام الجمحي. ويذكر جرجي زيدان أن نسخة الشنقيطي في دار الكتب المصرية مأخوذة عنها من كتاب ابن سلام.
2 -مكتبة السلطان محمود (المحمودية) . أنشأها السلطان محمود، وكان فيها من الكتب ما يقارب خمسة آلاف وخمسمائة كتاب منها 3500 من المخطوطات ويبلغ ما بها أخيراً (5886) كتاباً جمعت من مصر والأستانة. وقد ضمت إلى مكتبة الحرم.
3 -مكتبة الحرم النبوي. يبلغ عدد كتبها (5153) كتاباً منها (500) مخطوط وكان عدد مخطوطاتها عام 1375هـ (500) مخطوط تقريباً. وقد ضم إليها عدد من المكتبات الصغيرة الأخرى.
4 -المكتبة الحميدية. هذه المكتبة منسوبة إلى السلطان عبدالحميد الأول. وتعداد كتبها (1659) كتاباً. وقد ضمت إلى محتويات مكتبة الحرم المدني.