وعندما توفى الصديق دفن خلف النبي صلى الله عليه وسلم بذراع، ورأسه مقابل كتفيه الشريفين، ولما توفي عمر بن الخطاب أذنت له عائشة بعد أن استأذنها قبل وفاته بأن يدفن إلى جوار صاحبيه داخل هذه الحجرة.
وعن القبر الخالي في الحجرة النبوية يشير محمد الدبيسي إلى إن بعض العلماء يذكرون أن هذا القبر سيدفن فيه النبي عيسى عليه السلام. أما قصة تسمية الكوكب الدري الموجود في الحجر النبوية، فقد كان يوجد في الجدار القبلي من الحجرة تجاه الرأس الشريفة مسمار فضة، ويذكر رفعت إبراهيم باشا أنه ابدل بقطعة من الألماس كانت بحجم بيضة الحمام، وتحته قطعة أخرى أكبر منها، والقطعتان مشدودتان بالذهب والفضة، ومن ثم أطلق عليهما اسم"الكوكب الدري".
ويطلق على الحجرة في بعض الكتب - والكلام للدبيسي - المقصورة الشريفة، ولها ستة أبواب، الباب الجنوبي ويسمى باب التوبة، وعليه صفيحة مكتوب عليها تاريخ صنعه 1026 هـ، والباب الشمالي ويسمى باب التهجد، والباب الشرقي ويسمى باب فاطمة، والباب الغربي ويسمى باب النبي وبعض الناس يسمونه باب الوفود، وعلى يمين المثلث داخل المقصورة باب آخر، ثم باب سادس على يسار المثلث في داخل المقصورة أيضا.
ويضيف أن الملك عبد العزيز آل سعود أعطى عناية كبيرة بالحجرة البنوية والقبة الخضراء، ووجه بالمحافظة على البناء العثماني لها، مع الترميم إذا احتاج الأمر لذلك، وكذلك بطلاء القبة كلما بهت لونها.