التمثيل الضوئي في النباتات الخضراء لا تتم في غيبة الماء , الذي يتكون كل جزيء فيه من ذرتي إيدروجين , وذرة أوكسجين واحدة , والنبات يستمد الماء من العصارة الغذائية التي تمتصها جذوره من تربة وصخور الأرض , ويستمد الطاقة من ضوء الشمس بواسطة الصبغة الخضراء التي أودعها الله (تعالي) في خلايا النبات والمعروفة باسم اليخضور , والتي أعطاها الله (سبحانه وتعالي) القدرة علي تحليل جزيء الماء إلي أيون من الإيدروجين يحمل شحنة كهربائية موجبة , وأيون آخر من الإيدروكسيد يحمل شحنة كهربائية سالبة , وباتحاد كل اثنين من أيونات الإيدروكسيد يتكون جزيء من الماء وذرة من ذرات الأوكسجين الذي ينطلق إلي الغلاف الغازي للأرض لتعويض ما تستهلكه بقية الكائنات الحية من هذا الغاز الضروري للحياة عن طريق التنفس .

وتتحد أيونات الإيدروجين الناتجة عن عملية تحلل الماء مع جزيئات ثاني أوكسيد الكربون الذي يستمده النبات من الجو المحيط به ليكون جميع أنواع الجزيئات العضوية اللازمة لبناء الخلايا الحية , مبتدئا بأبسطها , وهو سكر العنب (الجلوكوز) وغيره من السكاكر والنشويات (الكربوهيدرات) , منتهيا إلي البروتينات , والزيوت , والدهون , ومركبات ذلك من الأحماض الأمينية , والأحماض النووية التي تكتب بها الشفرة الوراثية لكل كائن حي .

وبهذه العملية يختزن جزء من طاقة الشمس علي هيئة روابط كيميائية تلعب الدور الرئيسي فيها أيونات الإيدروجين الموجودة في الماء , بينما الأوكسجين المنطلق من الماء إلي الجو عن طريق عملية التمثيل الضوئي فإنه يستخدم بواسطة بقية الكائنات الحية في عملية التنفس وهي عملية ينتج عنها أكسدة المواد العضوية في الطعام والمأخوذة أصلا من النبات مباشرة (أو بطريقة غير مباشرة عن طريق الحيوان إلي ثاني أوكسيد كربون وماء , وبذلك يسترجع الغلاف الغازي للأرض ثاني أوكسيد الكربون الذي أخذه منه النبات ,