-الفطريات المرتبطة بالجذور: (Root - inhabiting fungi) : وهي فطريات تتعايش مع الجذور سواء على سطحها أو في محيطها الموجود حولها (Rhizosphere) وبعضها يتعايش مع جذور النباتات البذرية مكونا الفطر - جذريات (ميكورايزا) (mycorrhiza) ومنها الميكورايزا الداخلية، والميكورايزا الخارجية. وتلعب هذه الفطريات دورا مهما في حيوية النبات، وتحلل المواد السامة المتعائشة معها، مع العلم أن لكل نبات فلورا (Flora) خاصة به من الفطريات سواء في محيطه الجذري أو في الميكورايزا المرتبطه به أم على سطحه كما سبق. والميكورايزا تتكافل مع بعض الأشجار الضخمة وتقوم مقام الشعيرات الجذرية في إمداد النبات بالماء،ويقوم النبات بإمداد الفطر بالغذاء الجاهز، كما يقوم الفطر بتحليل المواد السامة في التربة وحماية النبات منها.
-الفطريات العائشة على اللجنين (Lignicolous Fungi) : كما نعلم فإن اللجنين مادة كيماوية معقدة التركيب، تستعصي على العديد من الفطريات والبكتيريا والنمل الأبيض، ولكن يوجد بعض أنواع من الفطريات تستطيع أن تحلل الليجنين وتعيش عليه بما وهبها الله سبحانه وتعالى من إنزيمات محللة له وهذا النوع من الفطريات يسبب تعفن جذور الأشجار وتحللها بعد موتها في الحقول والغابات، وتأتي العدوى للخشب (بضم الخاء والشين) بهذه الفطريات عن طريق الجراثيم المحمولة بالهواء أو عن طريق أجزاء من الخيوط الفطرية (الغزل الفطري) التي تتنتقل مع التربة عندما تسقط عليها الأشجار.
-الفطريات المحللة للسليلوز (Cellulose Decomposing Fungi) : السليلوز (Cellulose) كما نعلم عبارة عن كربوهيدرات معقدة، يتركب من وحدات عديدة من الجلوكوز مرتبط بعضها ببعض في سلسلة طويلة معقدة ترتبط برابطة جليكوسيدية (1 - 4) في الوضع بيتا.