أما الباب الأول فقد تحدثت في الفصل الأول فيه عن ضوابط التفسير العلمي، والضوابط اللغوية في التفسير العلمي، واستشهدت بعدة ضوابط لغوية في التفسير العلمي؛ وذلك بحسب المستويات اللغوية المعروفة. وهي الضوابط اللغوية، والنحوية، والصرفية، والصوتية، والدلالية، والبلاغية والأسلوبية.

أما الفصل الثاني فقد خصصته للآيات الكونية بعد مقدمة موضوعية تشمل تعريف الكون لغة واصطلاحاً، وذكر أهم النظريات العلمية في نشوء الكون، وكيف بدأ الكون، وما سعته، وكم عمره، وبعد ذلك ذكر الآيات الكونية وقد ترسمت منهجاً في تفسيرها وضبطها بالضوابط اللغوية يشمل بقية الفصول

اللاحقة. وهو البدء بذكر الآية ثم ذكر المعاني الغامضة أو التي يدور عليها الموضوع بالاعتماد على المعجمات اللغوية ومنها العين، ومقاييس اللغة، والصحاح، ولسان العرب، والقاموس المحيط، وغيرها وبعد ذلك، ذكرت أقوال المفسرين في تفسير الآية ثم النظرة العلمية وأثرها في التفسير العلمي وأخيراً ذكرت الضوابط اللغوية في التفسير العلمي لمعرفة مدى صحة التفسير العلمي وهل هو مطابق للضوابط اللغوية. ثم الحكم عليه.

على أني اضطررت إلى مخالفة هذا المنهج في بعض ثنايا الأطروحة حسب ما يقتضيه البحث.

أما الفصل الثالث: فقد تناولت فيه موضوع (المجموعات الشمسية) ولا يختلف المنهج كثيرا عن سابقه فقد عرفت فيه الشمس والقمر والنجوم والكواكب لغة واصطلاحا، والفرق بين النجوم والكواكب، واستشهدت بالآيات الدالة على ذلك، كما ذكرت الآيات التي تتحدث عن بروج السماء، والفرق بين النور والسراج، والفرق بين الضياء والنور والاستشهاد بالآيات الكريمة، وبعد ذلك ذكرت الآيات التي تخص موضوع الشمس على نفس المنهج الذي سرت عليه في الآيات الكونية، ثم الآيات التي تخص القمر وبعدها آيات النجوم والكواكب.