وأخرج البغوي من طريق الليث، عَن يزيد بن أبي حبيب، قال: كان رجال من الصحابة يحدثون أَنَّ النَّبِيَّ صَلى الله عَلَيه وسَلم قال يقتل بجبل الخليل والقطران من أصحابي أو من أمتي ناس فكان أولئك النفر الذين قتلوا مع محمد بن أبي حذيفة هناك.
ورواه أَبو عمر الكندي من وجه آخر، عَن الليث قال قال محمد بن أبي حذيفة هذه الليلة التي قتل فيها عثمان فإن يكن القصاص بعثمان فسيقتل في غد فقتل في الغد.
وذكر خليفة بن خياط، في"تاريخه"أن عليا لما ولي الخلافة أقر محمد بن أبي حذيفة على إمرة مصر ثم ولاها محمد بن أبي بكر.
واختلف في وفاته فقال بن قتيبة قتله رشدين مولى معاوية وقال ابن الكلبي قتله مالك بن هبيرة السكوني.