وحتى حين هدأت حدة العداء للكنيسة بعد تحطيم سيطرتها العلمية والسياسية والاقتصادية الغاشمة فإن المنهج استمر في طريقة. لأنه لم يستطيع أن يتخلص من أساسه الذي قام عليه ، والتقاليد التي تراكمت على هذا الاساس ، حتى صارت من أصول المنهج!
أما خطأ النتائج فهو ضرورة حتمية لخطأ المنهج من أساسه. هذا الخطأ الذي طبع نتائج المنهج كلها بهذا الطابع..
على أنه أياً كان المنهج وأياَ كانت النتائج التي يصل إليها ؛ فإن تقريراته مخالفة أساسية للتقريرات الإلهية كما يعرضها القرآن الكريم.. وإذا جاز لغير مسلم أن يأخذ بنتائج تخالف مخالفة صريحة قول الله سبحانه في مسألة من المسائل ؛ فإنه لا يجوز لباحث يقدم بحثه للناس على أنه"مسلم"أن يأخذ بتلك النتائج. ذلك أن التقريرات القرآنية في مسألة الإسلام والجاهلية ، وسبق الإسلام للجاهلية في التاريخ البشري ، وسبق التوحيد للتعدد والتثنية.. قاطعة ، وغير قابلة للتأويل. فهي مما يقال عنه: إنه معلوم من الدين بالضرورة. وعلى من يأخذ بنتائج علم الأديان المقارنة في هذا الأمر ، أن يختار بين قول الله سبحانه وقول علماء الأديان.
أو بتعبير آخر: أن يختار بين الإسلام وغير الإسلام! لأن قول الله في هذه القضية منطوق وصريح ، وليس ضمنياً ولا مفهوماً!