ولما اعتزلت الخوارج عليًا دعاهم إِلى الحق فامتنعوا وقتلوا كل من أرسله إِليهم فسار إليهم وكانوا أربعة آلاف ووعظهم ونهاهم عن القتل فتفرقت منهم جماعة وبقي مع عبد الله بن وهب جماعة على ضلالتهم وقاتلوا فقتلوا عن آخرهم ولم يقتل من أصحاب علي سوى سبعة أنفس أولهم يزيد بن نويرة وهو ممن شهد مع رسول الله صلى الله عليه وسلم غزوة أُحد .
ولما رجع علي إِلى الكوفة حض الناس على المسير إِلى قتال معاوية فتقاعدوا وقالوا: نستريح ونصلح عدتنا فاحتاج لذلك علي أن يدخل الكوفة .
ثم دخلت سنة ثمان وثلاثين
فيها جهز معاوية عمرو بن العاص بعسكر إِلى مصر وكتب محمد بن أبي بكر يستنجد عليًا فأرسل إليه الأشتر فلما وصل الأشتر إِلى القلزم سقاه رجل عسلًا مسمومًا فمات منه فقال معاوية: إِن لله جندًا من عسل وسار عمرو حتى وصل إِلى مصر وقاتله أصحاب محمد بن أبي بكر فهزمهم عمرو وتفرق عن محمد أصحابه وأقبل محمد يمشي حتى انتهى إِلى خربة فقبض عليه وأتوا به إِلى معاوية بن خديح فقتله وألقاه في جيفة حمار وأحرقه بالنار ودخل عمرو مصر وبايع أهلها لمعاوية .