ويقينًا بأهمية تدبر القرآن الكريم، إذ هو الغاية الأهم من إنزال القرآن، عُقد المؤتمر الثاني للجمعية تحت عنوان"فهم القرآن: مناهج وآفاق"وقد أسهم العلماء فيه وقدَّموا أبحاثهم العلمية له، وجُمعت في كتاب تحت عنوان المؤتمر نفسه، بعد تحكيم لها وتدقيق، وكانت خلاصة خبرات ودراسات لأعلام مشهورين في الدراسات القرآنية خصوصًا، والإسلامية عمومًا. وصدر عن الجمعية عام 1431 هـ، ويقع في 649 ص. ومن هذه البحوث:

-وظيفة فهم القرآن الكريم في مهمة حفظه/ منصور محمود الشرايري.

-العجلة في تعلم القرآن الكريم وأثرها / إبراهيم الحميضي.

-الانتفاع بالقرآن: حسناته وآثاره، أسبابه وموانعه/ بدر ناصر البدر.

-آثار القرآن الكريم وتدبره على الفرد والأمة/ سمر محمد حاووط.

-التغني بالقرآن وأثره في حصول التدبر/ أحمد بن علي السديس.

-الأسس العلمية والقواعد المنهجية لتفسير القرآن/ خير الدين خوجة.

-توظيف المقاصد في فهم القرآن وتفسيره/ علي الوزاني التهامي.

-ضوابط منهجية لتدبر القرآن الكريم/ زكريا إبراهيم الزميلي.

-أهمية فهم القرآن الكريم وآثاره على الفرد والمجتمع/ خالد صالح باجحزر.

-تجديد الفهم للنص القرآني/ حسن الغرباوي وأحمد غالب المغلس.