وهو الجزء العملي في عمل الباحث (حتى في تلك البحوث المجراة في الدراسات العليا لنيل الدبلوم و الماجستير أو الدكتوراة) والذي يشمل ما يلي (1) :

أ) العينة التي سيجري عليها البحث، سواء كانت أفرادًا، أو حيوانات تجارب، أو حتى مواد أخرى، حسب نوع البحث المجرى. والشروط التي يجب أن تتوافر فيها.

ب) تحديد التجارب والطرائق الاستقصائية، المخبرية أو الشعاعية وغيرها، وأنواع التدابير التي ستجرى عليها.

ج) تحديد الطرائق الإحصائية التي ستجري على نتائج الدراسة.

وهناك اختلاف كبير بين نوعيات الأبحاث الطبية من حيث تعدد نوعيات عينات البحث، والطرائق المستخدمة. وبموجب هذا التعدد والاختلاف، فإنه من الصعب أن توضع قاعدة واحدة، أو حتى عدة قواعد يمكن اتباعها في مختلف هذه الأبحاث. رغم ذلك فهناك بعض العموميات والإرشادات التي ستنير الطريق في إتمام هذه الخطوة بشكل جيد. فكلما خطط بشكل ممتاز وعلمي في اختيار العينات، وحددت تفصيلًا الطرائق المستخدمة قبل بدء الجزء العملي، كلما سهل إتمام البحث دون مفاجآت أو عقبات. ويفضل أن نتناول كل عنصر من العناصر السابقة الذكر، ونسهب قليلًا في شرحه أو على الأقل وضع الخطوط العريضة والتي ربما تختلف في تفصيلاتها قليلًا أو كثيرًا حسب نوع البحث الذي سيجرى، إن كان مسحًا وبائيًا لظاهرة Epidemiological Survey، أو تعيين القيم المرجع لأحد المعالم في جمهرة معينة Reference Values ، أو تجربة دوائية سريرية Therapeutic Clinical Trial ، أو غير ذلك.