ثانياً: كتاب أملى فيه أمير المؤمنين عليه السلام ستين نوعاً من أنواع علوم القرآن، وذكر لكل نوع مثالاً يخصه. ويعتقدون أنه الأصل لكل مَن كتب فِي أنواع علوم القرآن، وهم يروون عن عليّ رضي الله عنه هذا الكتاب بطرق عدة، وهو فِي أيديهم إلى اليوم، ويبلغ ثلاث عشرة ورقة إلا ربعاً بالقطع الكبير الكامل، كل صفحة منها سبعة وعشرون سطراً.
ثالثاً: الجامعة وهي كتاب طوله سبعون ذراعاً من إملاء رسول الله صلى الله عليه وسلم وخط عليّ عليه السلام، مكتوب على الجلد المسمى بالرق فِي عرض الجلد، جُمِعت الجلود بعضها ببعض حتى بلغ طولها سبعين ذراعاً وعدها من مؤلفات عليّ باعتبار أنه كتبها ورتبها من قول رسول الله صلى الله عليه وسلم وإملائه. قالوا: وفيها كل حلال وحرام، وكل شيء يحتاج الناس إليه حتى الأرش فِي الخدش. رابعاً: الجفر، وهو غير الجامعة وفيه يقول ابن خلدون:"واعلم أن كتاب الجفر كان أصله أن هارون بن سعد العجلى وهو رأس الزيدية، كان له كتاب يرويه عن جعفر الصادق، وفيه علم ما سيقع لأهل البيت على العموم، ولبعض الأشخاص منهم على الخصوص، وقع ذلك لجعفر ونظائره من رجالاتهم، على طريق الكرامة والكشف الذي يقع لمثلهم من الأولياء، وكان مكتوباً عند جعفر فِي جلد ثور صغير، فرواه عنه هارون العجلى، وكتبه، وسماه"الجفر"باسم الجلد الذي كُتِب فيه، لأن الجفر فِي اللغة هو الصغير، وصار هذا الاسم عَلَماً على هذا الكتاب عندهم، وكان فيه تفسير القرآن وما فِي باطنه من غرائب المعاني، مروية عن جعفر الصادق. وهذا الكتاب لم تتصل روايته، ولا عُرِف عَيْنه، وإنما يظهر منه شواذ من الكلمات لا يصحبها دليل، ولو صح السند إلى جعفر الصادق لكان فيه نِعْمَ المستند من نفسه، أو من رجال قومه، فهم أهل الكرامات".