تعاقد المعهد مع وحدة علاجية مكونة من طبيب عمومي، اختصاصي أنف وأذن وحنجرة، اختصاصي أمراض نفسية، اختصاصي معمل للتحاليل الطبية بالإضافة لطبيب اختصاصي أطفال مقيم.
قسم الإشراف الاجتماعي والنفسي:-
* يقوم بإصلاح سلوك الأطفال ومعالجتهم نفسيا وعمل اختبارات الذكاء وقوائم بالضبط وتصنيف الأطفال على أقسام المعهد المختلفة حسب أعمارهم ومستوى قدراتهم العقلية ونوع إعاقاتهم والإشراف عليهم اجتماعيا وزياراتهم ميدانيًا.
* ويوجد بالمعهد عدد كبير من الأيتام والفقراء ويتلقون العناية الكاملة من تعليم ورعاية وعلاج وتأهيل وكل ذلك مجانًا، وتصرف لهم إدارة المعهد مصاريف اللبس وترحلهم مجانا وبعضهم تصرف لهم مصاريف إعاشة لأسرهم.
* يقوم المعهد بمساعدة الأطفال المعاقين عقليًا وجسديًا الذين يلقى البوليس القبض عليهم بتهمة التشرد والتسكع في الطرقات، ويصرف لهم المعهد الملابس وتذاكر السفر لذويهم ونثريات إضافية تمكنهم من العودة لديارهم لعدم وجود داخليات في الوقت الحاضر.
* يشرف على إدارة المعهد مجلس إدارة، ومجلس أمناء ومجلس آباء يضم كبار الشخصيات الوطنية والقومية والاجتماعية في العاصمة السودانية .. راعي المعهد السيد / رئيس الجمهورية الفريق عمر حسن أحمد البشير.
* مؤسس المعهد ومنشئه البروفيسور الراحل المقدم د / فيصل محمد مكي أمين.
* رئيس مجلس الإدارة الأستاذ الشاعر / مصطفى محمد سند.
* بالمعهد إدارة للعلاقات العامة وقسم لإصدار منشورات معهد سكينة التي يعود دخلها لصالح الأطفال.
* بالمعهد خبير وخبيرات في مجال التربية والتعليم ووحدة لقياس الذكاء.
كيف يمول معهد سكينة نفسه؟
* إن معهد سكينة معهد خيري غير ربحي لا يتبع لأي جهة حكومية أو هيئة أو مؤسسة خيرية ذات وجود اعتباري في السودان أو خارجه وقد أنشئ المعهد بمجهود فردي من مؤسسة الذي أنفق عليه من ماله الخاص توازره أسرته وأقاربه.