كانت وفاته في 15 أيلول سنة 1885 عند الفجر. وشيعت جنازته في الساعة الأولى من بعد الظهر واشترك فيها موظفو الدولة ووكلاء القناصل وأعيان المدينة، وصلي على جثمانه في كنيسة مار سابا ودفن في المقبرة التابعة لها، وبعد الصلاة قام بتأبينه بعض الأدباء (20) . وفي سنة 1946 عندما هدمت الكنيسة المذكورة لتبنى مكانها الثانوية الوطنية نقلت المدافن التي بجوارها إلى مقبرة الفاروس وتثوى الآن رفاة الياس صالح في هذه المقبرة تحت باقة من أشجار السرو وعلى ضريحه نقرأ هذه الأبيات التي نظمها أسعد خليل داغر:
كريم بهذا اللحد بات موسدا
عماد العلى الياس صالح مذ هوى ... على كل قلب خطبه شقَّ فادحا
مضت عينه عنا وآثار فضله ... يظلُّ شذاها في الملا الدهر فائحا
أتاه من المولى الملاك مبشرًا ... لملقاه أحضان المسرة فاتحا
وناداهُ إذ لله أرختهُ لجا ... لالياس أضحى موطن الخلد صالحا
المؤلفات: ... فنبهوا منكم الطرف الذي هجعا
أول مؤلف مطبوع هو"خطبة في حقيقة التهذيب" (21) . إنه كراس صغير يقع في أربعة وعشرين صفحة. أهميته تكمن في أنه يعبر عن الأفكار التي كانت تجول في خاطر شاب كان في السابعة والعشرين من عمره يعيش في بلدة أصبح عدد سكانها حوالي أحد عشر ألف نسمة (22) .