ثم قدم الدكتور سلطاني مجموعة من الملاحظات المنهجية، والعلمية، واللفظية، بدأها بالملاحظات المنهجية التي تتعلق بأبواب الرسالة وفصولها، فالمحقق جعل الدراسة في بابين، يضم الباب الأول ستة فصول، ويرى الدكتور سلطاني أن يحذف الفصلان الأول والثاني حذفًا تامًا، لأن الفصل الأول -في رأيه- عبارة عن ثلاث وعشرين ترجمة نسخت نسخًا مباشرًا (حرفيًا) عن ثلاثة وعشرين مصدرًا، ورصف بعضها إلى جوار بعضٍ رصفًا، وكان عنوان هذا الفصل"ما قيل عن أبي علي في المصادر القديمة"..
والفصل الثاني الذي اقترح الدكتور سلطاني حذفه أيضًا هو"ما قيل عن أبي علي في الدراسات الحديثة". صنع فيه المحقق صنيعه في الفصل الأول، إذ رصف كل ما قيل عن أبي علي في الدراسات الحديثة رصفًا، ناسخًا إياه من تلك الدراسات.
لقد كان المحقق صادقًا في العنوانين، إلا أن المادة التي يضمها هذان الفصلان تحتاج إلى كثير من التمحيص، والبحث، والتدقيق. وجمع المادة -كما نعلم- هو المرحلة الأولى من مراحل البحث العلمي، تليها مراحل أخرى، تتعرض فيها المادة الأولية إلى عمليات الغربلة والاختيار.
ومن ناحية ثانية، جعل المحقق الدراسة في بابين، وجعل النص المحقق الباب الثالث، وكان مستغربًا أن يدخل النص المحقق في باب من أبواب الرسالة، وأن يسميه المحقق"الباب الثالث"لأن النص المحقق لا ينبغي، أن يكون بابًا من أبواب الرسالة، وإنما يأتي مستقلًا.