وعندما احتل الفاطميون سورية الشمالية 406 هـ /1015 م أصبح صالح بن مرداس سيد حلب. فضم إليه مدينة منبج وتعاقب على هذه المدينة سلطات عدة، فقد سيطر عليها السلاجقة الأتراك ثم انتقلت إلى سيطرة الزنكيين إذ بعد وفاة زنكي 541هـ/ 1146م قاد ولده نور الدين حملة عسكرية إلى الرها لمحاصرتها مارًا بمدينة منبج مع قواه العسكرية وآلات حصاره، وكان أميرها يومئذٍ حسان المنبجي، وهو حليف مخلص لنور الدين، والذي باستيلائه على تل باشر عام 546 هـ / 1151م أنهى بذلك كونتية الرها.
وبعد وفاة حسان المنبجي أعطى نور الدين منبج لولده غازي كإقطاع إلا أن هذا ما لبث أن ثار عليه. مما جعل نور الدين يقتحم المدينة ويعزل غازي ويعين مكانه أخاه قطب الدين اينال.
بنى نور الدين مدرسة للشافعية في منبج لابن أبي عصرون بينما بنى قطب الدين مدرسة مماثلة للأحناف.
بقيت منبج تحت سلطة الزنكيين حتى احتلها صلاح الدين الأيوبي 572 هـ /1176م ( [13] ) . وتعرضت فيما بعد عام 638 هـ /1240م للنهب والسلب من قبل الخوارزمية الذين أشاعوا فيها الخراب والدمار والقتل ( [14] ) .