لقد رتبت ألفاظ القرآن في هذا المعجم بحسب ترتيب حروف الهجاء، مسترشدة بالمعجم المفهرس لألفاظ القرآن لمحمد فؤاد عبد الباقي ـ رحمه الله ـ وإن الآيات التي أحال إليها المعجم هي أرقام المصحف المتداول، وَوُضِعَ رقم يبيّن عدد مرات كل لفظ من الألفاظ في القرآن. مثال ذلك: لفظة الأب تحتها رقم (1) واحد.
وبعد هذا المعجم الذي وضعه مجمع اللغة بالقاهرة، أُعِدَّت معاجم أخرى تشرح الألفاظ القرآنية وتشير إلى مكانها، وكان لكل معجم خصائص تميزه عن غيره.
لقد رتبت هذه المعاجم ترتيبًا هجائيًا، ولكن قسمًا منها جاءت فيه الكلمات مجردة وقد ردّت إلى أصلها الثلاثي، نذكر من هذه المعاجم ـ على سبيل المثال ـ معجم الألفاظ والأعلام في القرآن الكريم للأستاذ (محمد إسماعيل إبراهيم) وهو موجَزٌ لما سبقه من معاجم ألفاظ القرآن، وألحق به ما جاء في القرآن من أعلام تاريخية وجغرافية، ونذكر معجمًا آخر وضعه الفريق يحيى عبد الله المعلمي وعنوانه (مفردات القرآن) . يقول المعلمي في مقدمته"أخذت مادة المفردات من القرآن، وشرحت معانيها في اللغة بدءًا ببيان أصل المعنى ثم ما طرأ عليها من تطورات، ثم أبرزت المعنى الذي وردت الكلمة به في القرآن الكريم، وتوجت بعد ذلك بالآيات الكريمات التي وردت فيها هذه الكلمة، وقد رتبتها ترتيبًا هجائيًا على طريقة المعاجم العربية، وذلك بإرجاع الكلمة إلى أصلها المجرد، واخترت أن يكون البدء بالحرف الأول في الكلمة المجردة، ثم الذي يليه، وهكذا، ورجعت في ذكر المعاني اللغوية للكلمات إلى أمهات كتب العربية"
أما القسم الآخر من هذه المعاجم التي تشرح الألفاظ، فقد أخذت الكلمة كما وردت في القرآن دون أن تجردها من أحرف الزيادة، وأشارت إلى مكانها وشرحتها لغويًا وبينت معانيها في الآيات.