ترتبط الكارثة الأولى تاريخيًا بانتشار المذهب الباطني الذي يركّز على الماورائيات والفلسفة اللاهوتية، فيوجه الفكر العلمي التجريبي اتجاهًا غير مفيد تقنيًا، وقوي هذا الفكر بوجود الدولة الفاطمية التي بسطت نفوذها على بلاد الشام في هذه المرحلة من جهة، وازدياد النفوذ البويهي المتعاطف معها في مقر الخلافة العباسية حيث أخذ الصراع السياسي هناك يستهلك الرجال والمفكرين أو يدفعهم للهجرة من جهة أخرى. ولم تكن آثار هذه المرحلة مقتصرة على هبوط في عدد علماء الطبيعة وما شابهها، بل وصل إلى حد الهزيمة السياسية تحت إصرار الحملات الصليبية وسقوط بيت المقدس الرمز، وإن كان صدى الأفكار الاستشراقية يتردد بصور مختلفة عن هذه المرحلة (7) .