ويتكون التخطيط المعماري لقبة الصخرة من بناء حجري مثمن يتكون من مثمن خارجي يتكون من ثمانية جدران طول كل منها حوالي عشرين مترًا ونصف متر، وارتفاعه حوالي تسعة أمتار ونصف متر، وفي أعلى كل جدار من هذه الجدران توجد نوافذ يدخل منها النور إلى داخل المسجد. وفي الجدران المقابلة للجهات الأربع الأصلية من المثمن توجد أربعة أبواب. ويقسم كل جدار من هذه الجدران إلى قسمين، علوي مبلط بالقاشاني الصغير الحجم نسبيًا وسفلي وهو مغطى بالرخام.
ويلي المثمن الخارجي دائرة تتكون من أربعة أكتاف واثني عشر عمودًا تحمل فوقها ستة عشر عقدًا مدببًا. ويلي العقود رقبة أسطوانية بها ست عشرة نافذة وفوقها قبة. وهي القسم العلوي المذهب من مسجد قبة الصخرة، ويبلغ قطرها حوالي عشرين مترًا وأربعة وأربعين سنتمترًا. وقد شكلها الفنان من طبقتين من الخشب الداخلية تغطيها طبقة من الجص المزخرف بمجموعة من الفصوص الذهبية الخارجية مغطاة بطبقة من الرصاص المطلي بالذهب (6) .
جعل الفنان المعماري بين طبقتي الخشب فراغ حتى يسهل الترميم، وكذلك العزل الحراري. وتتراوح سعة هذا الفراغ من عند العنق حوالي 75 سم، ثم يزداد هذا الفراغ تدريجيًا ويصل إلى 118 سم ثم إلى مترين في وسط القبة، ولقد استبدلت أخيرًا الطبقة الخارجية الرصاصية المذهبة، بطبقة من معدن الألومنيوم المذهب.
وسط هذا البناء وأسفل القبة مباشرة تقع الصخرة المقدسة وقد وصفها كريزول:
"إن طولها 18 مترًا من الشمال إلى الجنوب وعرضها 13 مترًا من الشرق إلى الغرب وأن أقصى ارتفاع لها حوالي متر ونصف المتر".