وسجن أبو الصلت ثلاث سنوات وشهرًا، من نهاية عام 502 ومطلع 503 للهجرة. ... ولا تسأمي أن يستهلَّ وتسجمي
وقد ذكر ابن أبي أصيبعة ما جاء على لسان مراسله عن أبي الصلت وسجنه فقال:"وأما ما أشار إليه من أن الذي مني به، تمحيص أوزار سبقت، وتنقيص ذنوب اتفقت، فقد حاشاه الله من الدنايا، وبرأه من الآثام والخطايا. بل ذاك اختبار لتوكله وثقته."
وابتلاه لصبره (13) وسريرته كما يبتلى المؤمنون الأتقياء ويمتحن الصالحون والأولياء. والله تعالى يدبره بحسن تدبيره، ويقضي له بما الحظ في تسهيله وتيسيره، بكرمه. وقد اجتمعت بفلان فأعلمني أنه تحت وعد أداه الاجتهاد إلى تحصيله وإحرازه، ووثق من المكارم الفائضة بالوفاء به وإنجازه، وأنه ينتظر فرصة في التذكار ينتهزها ويغتنمها، ويرتقب فرجة للخطاب يتولجها ويقتحمها. والله تعالى يعينه على ما يضمر من ذلك وينويه، ويوفقه فيما يحاول ويبغيه" (14) ."
وفي السجن عكف أبو الصلت على الدراسة والبحث والتأليف فأضاف إلى ديوانه أعمالًا جديدة هي:
الأدوية المفردة في الطب:
على ترتيب الأعضاء المتشابه الأجزاء والآلية وهو مختصر قد رتبه على أحسن ترتيب - على حد قول ابن أبي أصيبعة.
رسائل العمل بالاصطرلاب:
الوجيز في علم الهيئة:
وقد ذكر ابن خلكان في هذا الكتاب ما يلي:"إن الأفضل قدم هذا الكتاب على منجمه أبي عبد الله الحلبي فلما وقف عليه قال: هذا الكتاب لا ينتفع به المبتدي ويستغني عنه المنتهي" (15) .
أما أعماله الأخرى فهي:
-الانتصار في الرد على علي بن رضوان وهو"علي بن رضوان بن جعفر المصري"المتوفى سنة 453هـ، وهو طبيب حكيم رياضي، له مؤلفات في الطب والحكمة الرياضية وكانت عنده سفاهة في البحث وتشنيع على منافسيه ويظهر ذلك في رده على حنين بن إسحاق في مسائله" (16) ."
تقويم الذهن في المنطق:
-حديقة الأدب (كما ويعرف بالحديقة) . وقد كتبه في المهدية.
-الديباجة في مفاخر صناجة: وهو تقريظ لأمراء صنهاجة.