الجزء الأول: يذكر اصل حي في هذه الجزيرة الخالية من كل بشر. وبهذه المناسبة يقدم ابن طفيل آراء جغرافية خاصة بالتولد الذاتي. ثم يعرض رأيا آخر يقول بولادة حيّ ولادة طبيعية.
الجزء الثاني: يتحدث فيه ابن طفيل عن تربية حيّ وعن المعرفة الاولى التي اكتسبها عن طريق الملاحظة الحسيّة والتجربة وذلك عند ما بلغ سبعة اعوام.
يذكر ابن طفيل هنا كيف تظهر قوى النفس تدريجيا، من تذكر، وقوة الملاحظة، والمقارنة. ويذكر بعض التجارب التي يقوم بها في ميدان التشريح:
يعثر على مختلف اعضاء الجسم، ولا سيما الرئة والقلب. ويميز بين الجسم وبين ما يحرّك الجسم.
ثم يقلد حي الطير في دفن جثة الميت.
يكتشف النار ويستخدمها في الاضاءة والتدفئة، ويلاحظ خصائصها، ولا سيما اتجاهها دائما وابدا الى اعلى.
يتساءل عمّا اذا كان ما يحرك الجسم هو من طبيعة النار، ويلجأ الى التجربة ليتحقق من ذلك.
يستنتج وجود روح حيواني في الجسم، هذا الروح يوحد بين مختلف اجزاء الجسم.
يرتدي حيّ جلود الحيوانات، بعد ما كان يرتدي اوراق الاشجار وريش الطيور.
يستألف بعض الطيور والحيوانات ويستخدمها.
كان ذلك كله، وبلغ حيّ واحدا وعشرين عاما.
الجزء الثالث: حيّ يرتقي من المعرفة عن طريق الحواس والتجربة الى المعرفة العقلية القائمة على الاستنتاج من التجربة التي يجريها في عالم الكون والفساد:
يميز في الكائنات بين الهيولى والصورة: يستنتج ان جميع الكائنات تشترك في شيء واحد وهو المادة والاختلاف يكون في الصور، اي فيما يمنح الكائن طبيعة خاصة به.
ثم يلاحظ حيّ ان الاجسام تنقسم الى ما هو ثقيل وما هو خفيف.
ادرك ان الامتداد معنى زائد على الجسمية، ولا يوجد جسم الا وله امتداد.
ادرك ان كل ظاهرة وكل حادث له علة احدثته.
وانتهى حيّ الى ان هناك علة اولى اصل جميع العلل.
الجزء الرابع: يرتقي حيّ من تفكيره في عالم الكون والفساد الى التأمل في السماء والعالم بأسره:
ففي السماء اجسام كروية متناهية ويأتي حيّ بالبرهان الرياضي ليثبت ذلك.
شكل العالم كروي، ويثبت ذلك ايضا ببرهان فلكي رياضي.