السبب الأول: فساد المعتقد، وهذا يلتقون فيه مع أسلافهم من المبتدعة قديما، ومرد هذا الفساد تعصبهم لمللهم ونحلهم، لذلك عميت بصائرهم عن إدراك دلائل ربانية القرآن، من ثم نظروا إلي هذا الكتاب باعتباره جزءا من تراث الأمة التي تدين به لربها. .
السبب الثاني: سوء القصد، فالمعروف لدى طالب علم التفسير ودارسه أن من أهم الآداب التي يجب توفرها في المفسر والدارس لكتاب الله (سلامة القصد) ، وأهم أسباب ضلال المبتدعة قديما هو أنهم أرادوا تأصيل نزعاتهم من خلال التأليف في التفسير وتضمينه تلك الأهواء فضلو وأضلوا، والمستشرقون حديثا ولجوا ميدان التفسير ولم يبتغوا الحق، بل منهم من قصد إلى إضفاء تصورات نحلته عليه، ومنهم من قصد هدم هذا العلم أصلا بشتى الوسائل وهذا مما لا يخفى في كتبهم.
السبب الثالث: فوضى المنهج، يعرف المنهج اختصارا بأنه الطريقة التي يسلكها الدارس والباحث من أجل الوصول إلى حقيقة علمية سواء كانت تلك الطريقة تعتمد الاستقراء والتتبع أو كانت تعتمد التحليل والتقويم أو التجريب والملاحظة. . . وغياب المنهج في أي مجال من مجالات البحث يؤدي إلى ما يمكن أن نصطلح عليه (بفوضى