لقد ترك الشيخ عمار مكتبة قيمة تحتوي على عشرات الكتب والرسائل، وترك بعض المخطوطات من تأليفه وتحقيقاته وفتاويه، ولكن هذه المكتبة حرقت ولم يبق منها شيئًا.

وعندما أذنت حياة الشيخ عمار بالانتهاء جاءه مرض الموت وأسلم روحه لبارئها في الثالث من جمادى الآخرة سنة 1389 هـ وهو في الثالثة والسبعين من العمر، بعد حياة حافلة بالجهاد المقدس كان فيها مثال العالِم والزعيم الذي يجهر بالحق والذي لا تأخذه في الله لومة لائم، رحمه الله وجعل قبره نورًا جزاء ما أسدى من خدمات للإسلام والمسلمين.