ولم يقتصر نشاطه داخل المملكة بل خارجها ففي عام 1385هـ سافر إلى عشر دول إسلامية للدعوة في سبيل الله، فبدأ رحلته بالسودان وانتهى بموريتانيا.

في عام 1381هـ صدر الأمر السامي الكريم بافتتاح الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة بمختلف أقسامها لتقوم الجامعة الإسلامية بإخراج الدعاة للعالم الإسلامي من مختلف الجنسيات. فعندما تم تشكيل المدرسين بالجامعة اختير الشيخ محمد الأمين الشنقيطي مدرسًا بها فهو بذلك يعد من أوائل المدرسين بالجامعة وكان دائمًا ينظر بعين العقل إلى التحسين والتعديل ويشارك برأيه السديد حتى أصبح عضوًا في مجلس الجامعة.

عين الشيخ رحمه الله عضوًا في المجلس التأسيسي لرابطة العالم الإسلامي خدم بكل إخلاص وله الكثير من المواقف الإنسانية العظيمة.

أنشئ مجلس هيئة كبار العلماء بأمر ملكي رقم 1/ 138 وتاريخ 8/ 7/1391هـ فقد صدر الأمر الكريم بتعيين المشايخ التالية أسماؤهم أعضاء هيئة كبار العلماء:

الشيخ عبد العزيز بن باز، الشيخ عبد الله بن حميد، الشيخ محمد الأمين الشنقيطي، الشيخ سليمان بن عبيد، الشيخ صالح بن غصون، الشيخ محضار بن عقيل، الشيخ محمد الحركان، الشيخ عبد العزيز بن صالح، الشيخ محمد بن جبير، الشيخ عبد الله بن غديان، الشيخ عبد الله بن منيع، الشيخ راشد بن خنين، الشيخ عبد المجيد حسن الجبرتي، الشيخ إبراهيم بن محمد آل الشيخ. ...