عرف الشيخ بحبه للإطلاع فكان مولعًا بجمع الكتب فقد جمع مكتبة ضخمة تزخر بكثير من الكتب القيمة والمخطوطات النادرة المنسوخة بخطه الجميل.

وقد اطلعت على المكتبة وعلى فهارسها الخاصة وهو تحتوي على 435 كتابًا و 52 مخطوطة وهي موجودة باسمه في مكتبة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة ضمن المكتبات الخاصة.

وفي عام 1389 هـ مرض الشيخ محمد إبراهيم الختني مرضًا دام ستة أشهر فتوفي في يوم الأربعاء السادس من شهر رجب من نفس السنة المذكورة فكانت لوفاته رنة حزن في المدينة المنورة وقد صلي عليه بالمسجد النبوي الشريف وشيعت جنازته في جمع كثير من الناس ودفن في بقيع الغرقد. رحمه الله وأسكنه فسيح جناته.