وقد قام المؤتمر بتشكيل اللجان الآتية:
لجنة رسالة المسجد.
لجنة إعداد الأئمة.
لجنة إدارة المسجد.
لجنة التمويل.
لجنة التخطيط الهندسي.
لجنة خطبة الجمعة.
لجنة المسجد الأقصى.
الرئيس: معالي الدكتور الشيخ حسني الذهبي
المقرر: معالي الدكتور عبد الله الزيد
الأعضاء
الأستاذ إبراهيم المصري
الأستاذ أحمد إبراهيم دندار
الشيخ أحمد تيجان كورا
الدكتور أحمد الشلبي
الشيخ بشير الباني
الشيخ حسنين مخلوف
الشيخ حسين جوزو
الأستاذ حسين دهال
الأستاذ حسين القوتلي
الأستاذ خالد كيبا
الأستاذ داود أسعد
الأستاذ سالم عزام
الدكتور صالح السامرائي
الأستاذ صلاح الدين عزام
الأستاذ عبد الرحمن الولايتي
الشيخ عبد العزيز الضاني
الدكتور عبد الله عبد الشكور
الأستاذ مجمل هاشمي
الشيخ محمد الحكيم
الشيخ محمد رشاد الشافعي