1.أن تفسير القرأن بالقرأن ليس من ضمن التفسير بالماثور؛ لأنه لايأتي بطريقة الرواية، وإنما هو من ضمن تفسير من فسّر به، والمفسر إما الصحابة أو التابعون أو العلماء ممن جاء بعدهم. إلا إذا كان هذ التفسير جاء من جهة النبي ?. ثم إن مصطلح"التفسير بالمأثور"هو مصطلح معاصر، وهو أيضا مصطلح غير دقيق.

2.أن تفسير القرأن بالقرأن له أقسام، وليس كل قسم على طبقة واحدة، وما جاء تفسيره في القرأن نفسه بجلي أو صدر من النبي ? برواية صحيحة فهو حجة، وأما ما صدر تفسيره من الصحابة و التابعين أو ممن جاء بعدهم من العلماء، فهذا يحتاج إلى دراسة عميقة، ولابد أن يقاس بمقياس علمي وضوابط الاجتهاد المعروفة والمقبولة؛ لأن كل قول يؤخذ ويردّ إلا قول النبي ?.

3.كان دور الشنقيطي في تفسير القرأن بالقرأن كبيرا جدا، حتى لقبه بعض الباحثين أنه من أفضل المؤلفات في مجال تفسير القرأن بالقرأ، بوضع بعض طرقه فيه، وإن كان هناك بعض اللاحظات