وبقي الاتحاد هكذا دون تنسيق كبير، نظرا للظروف المالية، ثم تم تجديد الإدارة وتغير الاسم إلى"الاتحاد الوطني للمدارس العربية الإسلامية"عام 1995 م، وتمت مراجعة المنهج من جديد، وأجريت فيه تعديلات واسعة وإضافات ضرورية لمواد التربية المدنية، وتقوية اللغة الفرنسية. كما تم وضع محتوى للمرحلة الثانوية للقسمين: الأدبي LL، والعلوم الإنسانية S.H. وحسب تقسيم لجنة الحكومة التي أشرفت على تقسيم الوقت فقد خصص خمس ساعات فقط لمواد التربية الإسلاميةـ، وخمس ساعات لمواد اللغة العربية، وبقية الساعات للمواد التي تدرس باللغة الفرنسية واللغة الحية الثانية، وتفصل المرحلة المتوسطة عن المرحلة الثانوية بفصل تمهيدي؛ يركز فيه على اللغة الفرنسية، وجوانب النقص في اللغة العربية، ويستمر في هذه المدارس لمدة تسع سنوات، وقد بدأ ظهور العمل في تنفيذ هذا القرار من عام 2003 م.

ولقد تزامن تغيير المناهج الدراسية في المدارس العربية، مع عدة مشاكل أهمها:

1 ـ انعدام المقررات الملائمة للمنهج الجديد.

2 ـ نقص المدرسين الأكفاء لتدريس بعض مواد المنهج الجديد كالتربية المدنية، والرياضيات، والهندسة، والعلوم الطبيعية، والفلسفة

3 ـ صعوبة الحصول على مدرسين لتدريس المواد الفرنسية في الثانويات.

4 ـ كثرة تكاليف توفير مدرسين أكفاء لمواد المنهج الجديد.

5 ـ تحول المرحلة الثانوية من ثلاث سنوات إلى أربع سنوات.

6 ـ حذف بعض المواد المهمة أو دمجها مع آخر في المتوسطة والثانوية، والتقليل من المدروس في بعضهاـ وجود الحشو والتكرار في بعض المواد الاجتماعية في الثانوية كالتربية المدنية والتاريخ القومي.

7 ـ إعادة محتوى بعض المواد بنفس مفرداته كالجغرافيا في المتوسطة والثانوية.

كانت هذه المشكلات عائقا كبيرا لبعض المدارس في تطبيق المنهج الجديد، فتم تطبيق المنهج على تفاوت بين المدارس العربية الإسلامية، وحسب بيانات الحكومة فإن حوالي.