ولكن بالرغم من نجاح خط (ولاية الفقيه) في مجلس الخبراء ، في تعزيز صلاحيات (الإمام) إلا انها ظلت محدودة في مجال السيادة والقيادة ، وبعيدة عن مجال التنفيذ والتشريع ، حسب الدستور .
الولاية المطلقة
وبعد حوالي عشرة أعوام من تجربة الحكم في (الجمهورية الإسلامية في إيران ) تفجرت أزمة تشريعية سياسية نظرية ، وذلك برفض ( مجلس المحافظة على الدستور ) التصويت على قانون العمل الذي أعده (مجلس الشورى) وعدله ثماني مرات خلال ثماني سنين ، بحجة مخالفته للإسلام ، مما اضطر وزير العمل للاستنجاد بالإمام الخميني الذي كان يمثل أعلى سلطة في البلاد ، لكي يحسم المشكلة ، وأجاز الإمام للوزير تطبيق القانون الذي شرعه مجلس الشورى دون ان يأخذ الإجراءات الدستورية النهائية بتصويت (مجلس المحافظة على الدستور) عليه .