فبدأت عملها في نوفمبر سنة 1309، واستدعى الأستاذ الأعظم ونحو مائتي فارس، وسار التحقيق ببطه على يد جماعة من كبار الأحبار والأساقفة، فعدل بعض الفرسان ومنهم الأستاذ الأعظم من اعترافاتهم
وأيد البعض الآخر صحة التهم الشنيعة التي نسبت إلى الجمعية، وسارت تحقيقات أخرى مع الفرسان في عدد من المدن الإيطالية، وانتهت بان اصدر البابا کلپمنص الخامس قرارا أشار فيه إلى جرائم الكفر التي يرتكبها الفرسان وأمر بالقبض عليهم أينما كانوا.
واستمرت محاكمات الفرسان بضعة أعوام وهلك كثيرون منهم أثناء التعذيب، وأحرق الأستاذ الأعظم جاك دي موليه علنأ على ضفة نهر السين.
وفي نفس الوقت فضى إدوارد الثاني ملك إنجلترا على جميع الفرسان في إنجلترا عام 111319 (1) ، وحقق معهم، فاعترف بعضهم بما تقدم من التهم، وشهد ايضا بصحتها شهود من الخارج
ولما افتضحت اسرار فرسان المعهد على هذا النحو، سخطت عليهم كل الهيئات الدينية في جميع الدول
واتخذ البابا الخطوة الحاسمة، وأصدر مجلس هينا المقدس في سنة 1312 قرارة بعل الجمعية نشرد الفرسان أينما وجدوا، ولاقوا في فرنسا اشنع ضروب الاضطهاد والإيذاء، فأحرق منهم أربعة وخمسون إحياء في سنة 1310.
ومع ذلك فقد نفى بعض المؤرخين من الفرسان هذه التهم ونسبوا إلى فيليب الجميل أنه حمل مطاردتهم طمعا في أموالهم واملاكهم الشاسعة، ومهما كانت الحقيقة فإنه يوجد ثمة ما يدل على أن الفرسان وصلوا في ذلك العهد إلى حد أزعج الملك فيليب ورجال الكنيسة لاطلاعهم على أسرار اعتبرها البابا جرلفة وكفر
ولم تكن تلك المحاكمات الفرسان الهيكل النهاية، فقد اختفي الكثير منهم ومنهم
(1) احرق مولبه حبأ على عهود في باريس بحضور الماما وملك فرنسا، قرب كاتدرائية نوتردام الشهيرة
وحين اشتعلت النيران من حوله نادي موليه، على الملك والبابا بلقائه عند الرب بعد عام. > وقد قام من بقي من الفرسان بتنفيذ تداء وموليه، فتم تسمهم كل من البابا كليمنت والملك فيليب قبل انقضاء عام على موت موليه حرقا!!.