ولاه العباسيون إمرة «مصر» ثلاث مرات، كانت الأولى من سنة
(171هـ) حتى سنة (173هـ) ، والثانية من سنة (175هـ) حتى سنة
(176هـ) ، والثالثة من سنة (179هـ) حتى سنة (180هـ) ، وحظى
خلالها «موسى بن عيسى» بمحبة الناس واحترامهم، لحبه للخير
والعدل، وتسامحه مع الأقباط، فقد سمح لهم ببناء الكنائس.