وخرجت المحمرة بالجبل، فقتلوا، وقطعوا الطريق، وأخافوا السبيل، وعرضوا لحاج خراسان، فهزموهم، وقتلوا منهم جماعة، فوجه المعتصم هاشم بن باتيجور فكانت بينه وبينهم وقعة فهزموا هاشما، فوجه المعتصم إسحاق بن إبراهيم في جيش، واستخلف إسحاق على الشرط أخاه طاهرًا، ونفذ فواقعهم، فقتل منهم مقتلة عظيمة، وأقام حتى أصلح البلد بعد أن نالته منهم شدة. وتحرك محمد بن القاسم بن علي بن عمر بن علي بن الحسين بن علي بالطالقان، واتبعه جماعة، فوجه إليه عبد الله بن طاهر بعض عماله، فلما لحقه هرب محمد بن القاسم من الطالقان إلى نيسابور، وذكر أن القوم اعتقلوه، وأنه لم يكن له في ذلك إرادة، فأخذه عبد الله بن طاهر، فحمله إلى المعتصم، فحبسه في قصره فهرب منه ليلة الفطر سنة 219، فطلبوه، فلم يقدروا عليه.
ووثب الزط بالبطائح بين البصرة وواسط، فقطعوا الطريق، فوجه إليهم المعتصم أحمد بن سعيد بن سلم بن قتيبة الباهلي، فهزموه، فعقد المعتصم لعجيف في جمادى الأولى سنة 219، فطلبوا الأمان وخرجوا إليه على حكم المعتصم، فأدخلهم بغداد، فأجاز المعتصم لهم الأمان، وأسكنهم خانقين.
وسخط المعتصم على الفضل بن مروان وزيره، وبطش بجماعة من أصحابه، واستصفى أموالهم، ووجه الفضل إلى إسحاق بن إبراهيم ببغداد، وأمر بطلب أموالهم، فركب به إلى داره، وأخرج منها مالا عظيما، ثم نفى، فقال فيه راشد بن إسحاق:
يكفيك من غير الأيام ما صنعت ... حوادث الدهر بالفضل بن مروان
وامتحن المعتصم أحمد بن حنبل في خلق القرآن، فقال أحمد: أنا رجل علمت علما، ولم أعلم فيه بهذا، فأحضر له الفقهاء، وناظره عبد الرحمن بن إسحاق وغيره، فامتنع أن يقول إن القرآن مخلوق، فضرب عدة سياط، فقال إسحاق بن إبراهيم: ولني، يا أمير المؤمنين مناظرته فقال شأنك به فقال إسحاق: هذا العلم الذي علمته نزل به عليك ملك، أو علمته من الرجال قال بل علمته من الرجال. قال: شيئًا بعد شيء، أو جملة؟ قال: علمته شيئًا بعد شيء. قال فبقي عليك شيء لم تعلمه؟ قال: بقي علي. قال: فهذا مما لم تعلمه، وقد علمكه أمير المؤمنين. قال: فإني أقول بقول أمير المؤمنين. قال: في خلق القرآن فأشهد عليه وخلع عليه، وأطلقه إلى منزله. وخرج المعتصم إلى القاطول في النصف من ذي القعدة سنة 220، فاختط موضع المدينة التي بناها، وأقطع الناس المقاطع، وجد في البناء حتى بنى الناس القصور والدور، وقامت الأسواق، ثم ارتحل من القاطول إلى سر من رأى، فوقف في الموضع الذي فيه دار العامة، وهناك دير للنصارى، فاشترى من أهل الدير الأرض، واختط فيه، وصار إلى موضع القصر المعروف بالجوسق على دجلة، فبنى هناك عدة قصور للقواد والكتاب وسماها بأسمائهم، وحفر الأنهار في شرقي دجلة وعمر العمارات، ونصبت الدواليب والدوالي على الأنهار، وحملت النخيل والغروس من سائر البلدان، وكان ابتداء ذلك في سنة 221، وبني القرى، وحمل إليها الناس من كل بلد، وأمرهم أن يعمروا عمارة بلدهم، وحمل قوما من أرض مصر يعملون القراطيس، فعملوها، فلم يأت في تلك الجودة.
واشتدت شوكة بابك، وكان محمد بن البعيث قد شايعه، وعصمة الكردي صاحب مرند في طاعته، فوجه المعتصم طاهر بن إبراهيم أخا إسحاق بن إبراهيم، عامل البلد، وأمره بمحاربة القوم، فلما قدم البلد كتب ابن البعيث إلى المعتصم يعلمه أنه في الطاعة، وأنه في التدبير على بابك وأصحابه، ثم مكر بعصمة الكردي صاحب مرند، فتزوج ابنته، وصار إليه إلى مرند، ثم دعاه إلى منزله فحمل عليه وعلى من معه في الشرب، فلما سكروا حملهم في الليل إلى قلعته التي يقال لها شاهي، ثم أنفذهم إلى المعتصم، فأجازه المعتصم، وحباه، وأعطاه، وذلك لأنه أخبر طاهر بن إبراهيم بما كان منه، وسأله أن يبعث إليه الحديد والبغال يحملهم إليه، ففعل ذلك طاهر، فحملهم إلى المعتصم، وكتب إليه بخبرهم، فغلظ المعتصم على إسحاق، وقال: ما أرى عند أخيك شيئًا ولا أرى الرجلة إلا عند ابن البعيث.