ـكتاب الخصال الحافظ لجمل شرائع الإسلام في الواجب والحلال والحرام والسنة والإجماع.
ـ كتاب الإحكام لأصول الأحكام.
ـ كتاب المجلى في الفقه.
ـ كتاب المحلى في شرح المجلى بالحجج والآثار.
ـ كتاب حجة الوداع.
ـ الإملاء في شرح الموطأ.
ـ كتاب الإملاء في قواعد الفقه.
ـ كتاب الإجماع.
ـ كتاب الفصل في الملل والنحل.
ـ تبديل اليهود والنصارى في التوراة والإنجيل، وبيان تناقض ما بين أيديهم من ذلك مما لا يحتمله التأويل.
ـ التقريب لحد المنطق.
ـ الصادع الرادع على من كفر أهل التأويل من فرق المسلمين.
ـ كتاب الإمامة والخلافة في سير الخلفاء ومراتبها.
ـ كتاب كشف الالتباس ما بين أصحاب الظواهر وأصحاب القياس.
ـ النبذة في أصول الفقه.
وغيرها من الكتب.
ومع هذا العدد الكبير من مؤلفاته، إلا أن أعظمها قد حرق و فقد، وهذا مما امتحن به هذا العالم، وسبب ذلك اشتداد العداء بينه وبين فقهاء عصره، فانقلبوا عليه بتكفيره وتضليله وتأليب الأمراء عليه، فأحرقوا مجلدات من كتبه.