المنهج الأول: التزام ترتيب السور القرآنية وآياتها على نحو ما نجد في كتاب مجاز القرآن لأبي عبيدة المتوفى سنة 209 للهجرة، وكلمة مجاز المسمى بها الكتاب لا تعني المعنى البلاغي إنما تعني المعنى اللغوي أي المسلك والطريق إلى تفسير ألفاظ القرآن الكريم وفهم أساليبه على ضوء طبيعة لغة العرب وأساليبهم في الكلام.
والمنهج الثاني: الترتيب الهجائي أو المعجمي كما في"مفردات ألفاظ القرآن"للراغب الأصفهاني المتوفى سنة 502 للهجرة، وهو يتبع ذكر المواد اللغوية القرآنية، ويذكر فيها تفسير الكلمات القرآنية مستطردًا إلى تفسير ما يعنُّ له من حديث نبوي أو أثر أو أي أسلوب أو أي لفظ من ألفاظ المادة.
وقدمت ورقة عمل مقترحة في معجم المجمع، وهي:
أولًا- في عرض المادة:
1-تُحرَّر معاني الألفاظ في ضوء السياق اللغوي وضوء ما ورد في القرآن من صور المادة في دقة وإيجاز.
2-لا تُعْرَضُ الكلمة إلا في موطن واحد، وإذا كان للكلمة أكثر من معنى يشار إلى المعاني خلال عرض الآيات.
3-تجرَّد المواد من ذكر الأرقام، وإن كان من المتسحسن أن توضع علامة مميزة أمام بدء المادة أو أمام كل صورة من صورها.
4-مراعاة الترتيب الهجائي في عرض المادة، وسيأتي تفصيل ذلك في الأفعال والأسماء.
ثانيًا: منهج العرض والتنسيق:
أ- في الأفعال:
1-تذكر الأفعال بجميع صورها.
2-تُسْتَوْفَي صور الماضي ومعه الماضي المبني للمجهول، ثم المضارع ومعه المبني للمجهول منه ثم الأمر.
3-يذكر الفعل اللازم أولًا ثم المتعدي بحرف، ثم المتعدى لمفعول به ثم المتعدى لمفعول وبحرف، ثم المتعدي لمفعولين وهكذا.
4-يذكر من الأفعال المجرد بجميع صوره ثم المزيد.
5-يتبع الترتيب الهجائي في كل ذلك، كما يتبع مع الضمائر واللواحق، فمثلًا: تذكر ضرب ثم ضربنا، ثم ضربت ثم ضربتما ثم ضربتم ثم ضربتن ثم ضربوا. ومع الفعل المزيد يذكر: أسلم قبل سالم وسالم قبل سلَّم.