منهجه في الاستدلال بالآيات القرآنية:

إذا كان في كتاب أو باب أو فصل أو مسألة دليل من القرآن، بدأ الزركشي به مع ذكر وجه الاستدلال به وذكر أوجه القراءات الواردة فيه أحيانا.

-منهجه في الاستدلال بالأحاديث والآثار:

1.إذا كان في كتاب أو باب أو فصل أو مسألة دليل من الأحاديث ذكره. وإن كان هناك أثر أتبعه به.

2.ذكر من روى الحديث من الصحابة- رضي الله عنهم- في الغالب.

3.ذكر من أخرج الأحاديث والآثار من الأئمة.

4.الحكم في الغالب على الأحاديث والآثار الواردة, مستندا في ذلك إلى كلام من سبقه من أهل العلم, وقد يحكم عليه مستندا إلى حال إسناده ومتنه.

5.العناية بشرح الألفاظ الغريبة في الأحاديث.

6.بيان وجه الاستدلال منها.

-منهجه في شرح المنهاج فقهيا:

1.إذا ذكر النووي القول المختار وخلافه، أو الوجه الأقوي وخلافه، أو الطريق الراجح وخلافه، ذكر الزركشي دليلَ كلٍّ. وإن لم يذكر النووي خلافه، ذكر الزركشي دليل المذكور، ثم جاء بخلافه مع دليله. وقد يذكر أن بعض الأقوال المذكورة في المسألة موافقة لصريح للسنة, كما في مسألة القرعة.

6.كثيرا ما يقارن الزركشي بين ألفاظ المنهاج وبين ألفاظ المحرر للرافعي، ويرجح بينهما، فيقول مرة: وتعبيره بالأصح تبع فيه المحرر، ومَرَّةً: وعبارة المحرر أولى. وقد ينتقد ألفاظ المنهاج فيقول مثلا: ولو عبر المصنف بكذا لكان أولى. وقد ينبه على بعض الاختلاف في نسخ المنهاج.