وكان البابا يغدق عليّ الأموال حتّى لا أعود لمناقشة مثل تلك الأفكار لكنّي مع هذا كنت حريصًا على معرفة حقيقة الإسلام ولم يخبو النور الإسلامي الذي أنار قلبي فرحًا بمنصبي الجديد بل زاد، وبدأت علاقتي مع بعض المسلمين سرًا وبدأت أدرس وأقرأ عن الإسلام.
وطُلب منّي إعداد رسالة الماجستير حول مقارنة الأديان وأشرف على الرسالة أسقف البحث العلمي في مصر سنة 1975، واستغرقت في إعدادها أربع سنوات وكان المشرف يعترض على ما جاء في الرسالة حول صدق نبوة الرسول محمد صلى الله عليه وسلم وأميته وتبشير المسيح بمجيئه.
وأخيرًا تمّت مناقشة الرّسالة في الكنيسة الإنكليكيّة بالقاهرة واستغرقت المناقشة تسع ساعات وتركزت حول قضيّة النّبوّة والنّبي صلى الله عليه وسلم علمًا بأن الآيات صريحة في الإشارة إلى نبوّته وختم النّبوّة به، وفي النهاية صدر قرار البابا بسحب الرسالة منّي وعدم الاعتراف بها، ووقتها أخذت أفكر في أمر الإسلام تفكيرًا عميقًا حتّى تكون هدايتي عن يقين تام ولكن لم أكن أستطيع الحصول على الكتب الإسلامية فقد شدّد البابا الحراسة عليّ وعلى مكتبتي الخاصّة.
في اليوم السادس من الشهر الثامن من عام 1978 م كنت ذاهبًا لإحياء مولد العذراء بالإسكندريّة أخذت قطار الساعة الثالثة وعشر دقائق الذي يتحرك من محطة أسيوط متجهًا إلى القاهرة وبعد وصول القطار في حوالي الساعة التاسعة والنصف تقريبًا ركبت الحافلة من محطة العتبة رقم 64 المتجهة إلى العباسيّة.
وأثناء ركوبي في الحافلة بملابسي الكهنوتية وصليب يزن ربع كيلو من الذهب الخالص وعصاي الكرير صعد صبيّ في الحادية عشر من عمره يبيع كتيبات صغيرة فوزعها على كلّ الركّاب ماعدا أنا، وهنا صار في نفسي هاجس لم كل الركاب إلا أنا، فانتظرته حتّى انتهى من التوزيع والجمع فباع ما باع وجمع الباقي.
قلت له:"يا بنيّ لماذا أعطيت الجميع بالحافلة إلا أنا"، فقال:"لا يا أبونا أنت قسيس"، وهنا شعرت وكأنّني لست أهلًا لحمل هذه الكتيّبات مع صغر حجمها (لا يمسّه إلاّ المطهرون) .
ألححت عليه ليبيعني منهم فقال:"لا دي (هذه) كتب إسلاميّة"ونزل، وبنزول هذا الصّبي من الحافلة شعرت وكأنّني جوعان وفي هذه الكتب شبعي وكأنّني عطشان وفيها شربي، نزلت خلفه فجرى خائفًا منّي فنسيت من أنا وجريت وراءه حتّى حصلت على كتابين.
عندما وصلت إلى الكنيسة الكبرى بالعبّاسيّة (الكاتدرائيّة المرقسيّة) ودخلت إلى غرفة النّوم المخصّصة بالمدعوّين رسميًّا كنت مرهقًا من السفر، ولكن عندما أخرجت أحد الكتابين وهو (جزء عم) وفتحته وقع بصري على سورة الإخلاص فأيقظت عقلي وهزت كياني، بدأت أرددها حتى حفظتها وكنت أجد في قراءتها راحة نفسية واطمئنانًا قلبيًا وسعادة روحية، وبينا أنا كذلك إذ دخل عليّ أحد القساوسة وناداني:"أبونا إسحاق"، فخرجت وأنا أصيح في وجهه (قل هو الله أحد) دون شعور منّي.