تظهر الوثائق بأنه ما يُسمّى بأفرع القاعدة ليست فقط مشكلة للقاعدة باعتبارها مصطلحًا لتشويه صورتها في أعين أغلبية المسلمين والذي كان نصيبهم معظم الضحايا من هجماتهم، لكن المؤسسات الفرعية سببت داخليًا النقاش بين أفراد القيادة العامّة، أي وجهة نظر شاملة من الوثائق تشير إلى ثلاثة مواقع مختلفة ضمن القاعدة على ذات الموضوع، آدم غدن يحث على التبرؤ والانفصال عن مجموعات لا يستشير قادتها القاعدة ولا يتصرفون باسمها. يوجد ممثلون بكاتب مجهول يحث على العكس باعتقادهم بأن إدراج المجموعات الجهاديّة الإقليميّة في المشاركات غير العلنية لنمو القاعدة وتوسّعها وأين يمثل الموقع الثالث. أراد بن لادن إبقاء الاتصال من خلال منبره الخاص أو لعطية مع الإخوة في كل مكان على الأقل لحث ضبط النفس والتزويد بالنصيحة حتى ولو وقعت على آذان صماء لكن بدون سحب اسم القاعدة عنهم.

المجموعات لها محتوى جوهري كافي في الوثائق لكسب الفهم الكامل لعلاقة القاعدة معهم وهم: دولة العراق الإسلامية/القاعدة في العراق، والقاعدة في شبه الجزيرة العربية، وحركة طالبان باكستان وبدرجة أقل حركة الشباب. القاعدة في المغرب الإسلامي مذكورة في عدد من الرسائل و لكن ليست مادة منفصلة للمناقشة، فقط كانت ليعرف بن لادن رأي المجموعة هناك وهناك رسالة أخرى مؤرخة في 2006 مرسلة خصيصًا إلى عبد الحميد، الرسالة الحقيقية كانت مرسلة إلى عطية تشمل رسائل قانونية من المجموعة دعا جيش الإسلام و الذي مقره في غزة، المغزى من الرسالة هو أن المجموعة بحاجة إلى معونة مالية (لدعم الجهاد) والأسئلة بشكلٍ كبير تخص جواز قبول معونة مالية من المجموعات الفلسطينية الفدائية الأخرى والتي لا تحارب لتحكيم الشريعة في نظر جيش الإسلام (ومثال على ذلك المجموعات الوطنية أو المدعومة من إيران) [1] إن مغزى الرسالة يخص العلم الشرعي لعطية لكن لا تشير بشكلٍ جازم للعلاقة بين القاعدة وجيش الإسلام، حيث عطية سيلاقي مصيره لكن ليس لفترة قريبة. لقد ردَّ بصرامة على الأسئلة لكنه لم يُعطي أي نصيحة استراتيجية. من المحتمل بأن جيش الإسلام كان «يجس نبض» ليرى فيما إذا كانت القاعدة سوف تقدم لهم دعمًا ماديًا ناهيك بأن حماس كانت تحارب ضدهم.

(1) وثيقة: SOCOM-2012 - 0000006