«القاعدة في جزيرة العرب» . في عام 2004 بايعَت جماعة التوحيد والجهاد والتي يرأسها أبو مصعب الزرقاوي القاعدة بشكلٍ علني بإقرار المجموعة «القاعدة في بلاد الرافدين» مجموعة الزرقاوي كانت المجموعة الإقليمية الوحيدة التي اعترف بن لادن بها رسميًا، بينما مجموعات أخرى تمَّ قبولها علنيًا فيما بعد من قِبَل أيمن الظواهري.

ازدياد المجموعات الجهادية الإقليمية تدمج نفسها مع القاعدة واستمرارية وجودها مع قواد القاعدة البارزين باعتقادهم أنها ترتكز في باكستان وأفغانستان و هذا أدّى إلى مفهوم بأن القاعدة تتوسَّع. كان من المفترض بأن القاعدة كانت قادرة أن تعيد البناء على الحدود الشمالية الغربية لباكستان وبالتالي خسران ما كانت تعانيه من الآثار الكارثية السريعة لغزو أفغانستان بقيادة الولايات المتحدة في 2001 وبإعادة التجديد تعتقد القاعدة بأنها قادرة أن تتصرف بصفتها منظمة ومجتمع مخابراتي وتثبيت هذا الوجود المنتعش باعتبارها «القيادة العامّة لتنظيم القاعدة» وكلاهما بالرجوع إلى الوجود الجغرافي لقادة القاعدة الراشدين وكما قيل بنقلهم لابن لادن لالتماس استحسانه بقرارات مصيرية وليشير بأنه يوجد على الأقل علاقة تضامنية بين القيادة العامّة والمجموعات الجهاديّة الإقليميّة بمنحهم الدمج مع القاعدة الأُم (المركزية) . ووفقًا لهذا النقاش تقدم القاعدة المركزية دليلًا استراتيجيًا للمنتسبين من أعضاءها ومن المفترض بأن المنتسبين يتصرفون بشكل كبير بإذعان لقيادة القاعدة العامّة.