ثم كان الأمر في يوم الفتنة بين علي ومعاوية رضي الله تعالى عنهما، فكان الحسن والحسين مع أبيهما حتى قتل علي رضي الله تعالى عنه وأرضاه، فلما قتل سلم بعض المسلمين الخلافة للحسن، فلما خاف على المسلمين أن يقتتلوا وتسفك دماؤهم وتتفرق كلمتهم وتضعف شوكتهم تنازل رضي الله تعالى عنه وأرضاه عن أمر الخلافة لـ معاوية رضي الله عنه وأرضاه، فبقي معاوية أميرًا على المؤمنين شعر سنين بعد ذلك، وهذا تحقيق لقوله صلى الله عليه وسلم: (إن ابني هذا سيد، وسيصلح الله به بين فئتين عظيمتين من المسلمين) ، وفي بعض الروايات: (دعواهما واحدة) .
ثم سكن الحسن المدينة المنورة وبقي فيها، وورد أنه مات مسمومًا فيها وعمره سبعة وأربعون عامًا، ودفن بجوار أمه فاطمة.