علم الأديان في العالم الإسلامي لا يمثّل الحالة الراشدة، وفيه إشكاليات كثيرة جدًا، سواءً الدراسة الأكاديمية أو الدراسة البحثيَّة العامة.
ويمكن أن نحدد أهم النواقص والإشكاليات في علم الأديان في العالم الإسلامي في الأمور التالية:
-أولًا: ضعف الاهتمام بعلم الأديان نفسه، فهو من العلوم المهجورة في الحقيقة.
-منها أيضًا: عدم التكامل في دراسته؛ يعني الدراسات التي قُرِّرت في الجامعات ليست متكاملة، وإنما يقرِّرون بعض الجزئيات.
-الإشكالية الثالثة: الوقوع في المحاكاة للفكر الغربي، ليس في الآراء؛ فبعض المسلمين لا يختار آراء الغربيين، ولكن الوقوع في المحاكاة في ترتيب الموضوعات، وفي تحديد الموضوعات، وفي غياب المعايير، فترى بعض الباحثين المسلمين يؤلفون كتابًا في علم الأديان فيذهب إلى الفكر الغربي فيأخذ نفس الفهرست ولكن يحوله للغة العربية، وهذا الوقوع في المحاكاة من أكثر ما أضرَّ بهذا العلم.