ومات وهو مكب على أخذ ما فات من العلماء، ولف ما نشروه، ولم ما شتتوه، وتحقيق ما لم يحققوه. فكان لسانه ينبع علمًا بالقرآن، وصدره يتدفق بحثًا عن معضلاته. و كان يعتقد أن القرآن مرتب بيانه، ومنسقة النظام آياته. وكل ما تقدم وتأخر من سوره وآيه بني على الحكمة والبلاغة ورعاية مقتضى الكلام. فلو قدم ما أخر، وأخر ما قدم لبطل النظام، وفسدت بلاغة الكلام. وهذا أمر قد سبقه إليه كثير من العلماء من أبرزهم الإمام الكبير عبدالقاهر بن عبدالرحمن الجرجاني.

وكان يرى أن القرآن يفسر بعضه بعضًا، فأعرض عن القصص وما أتى به المفسرون من الزخارف والعجائب. هذا كان دأبه في تفسيره الذي سماه (نظام القرآن وتأويل الفرقان بالفرقان) . وكان حسن النظر في كتب اليهود والنصارى. فاستمتع بها في مباحثه ومؤلفاته.

وانتخب سنة 1907م لتدريس اللغة العربية بكلية عليكرة الإسلامية، وكان يؤمئذ أستاذ اللغة العربية بها هو المستشرق الألماني الشهير يوسف هارويز [ت1931م] . وكان هذا المستشرق يتقن اللغة العبرية لغة اليهود. فتعلم منه الفراهي العبرية وعلمه العربية.

ثم تولى الفراهي بعد ذلك تدريس اللغة العربية في هذه الكلية، وبقي هناك أعوامًا، حتى انتقل منها إلى حيدر أباد الدكن رئيسًا لمدرسة دار العلوم العربية الأميرية النظامية التي كانت تخرج قضاة البلاد وولاتها.

وهو الذي ارتأى تأسيس جامعة أردية تدرس العلوم الدينية بالعربية، والعلوم العصرية بالأردية، وبذل جهده في تحقيق هذا الأمل وإنجاز هذا العمل، حتى نال القبول من المسئولين والمجتمع. وسميت بالجامعة العثمانية، وهي يومئذ من أحدث جامعات العالم سنًا، ولكن من أعجبها نظامًا.

ثم استقال بعد ذلك، ولزم بيته، وانقطع للعلم، وكان قد أسس قريبًا من قريته مدرسة عربية دينية سماها (مدرسة الإصلاح) ، فكان ينظر في شؤونها، ويجريها على أمثل طريق اخترعه، وأحسن أسلوب أبدعه. ومن أجل مقاصدها تحسين طريقة تعليم العربية، وإيجاز قائمة دروسها المتعبة العقيمة، وإلغاء العلوم البالية القديمة، والعكوف على طلب علوم القرآن، والبحث عن معانيه ونظمه وأحكامه وحكمه، وتدريس الحديث النبوي والفقه الإسلامي بعيدًا من التعصب المذهبي.

وكان رئيسًا للجنة المديرين لدار المصنفين التي أسست تذكارًا لأخيه الشيخ شبلي النعماني، فكان هو أحد مؤسسيها. وكان يبذل أوقات فراغه في التأليف، والتدوين، والنظر في القرآن ومعانيه، وإلقاء دروسه على تلامذته الملتفين حوله. فسمح خاطره المتدفق بما يخل به القدماء من علومه، وفرق على العفاة ما لم يجمعه الأوائل في صحفهم.

كان رحمه الله منقطعًا إلى هذا البر من العمل، حتى أتاه الأجل في التاسع عشر من جمادى الثانية سنة 1349هـ الحادي عشر من نوفمبر سنة 1930م.

مات غريبًا في مدينة (متهورا) كعبة الوثنيين في الهند. كان رحل إليها عليلًا يستشير طبيبًا نطاسيًا من أبناء بلدته موظفًا هناك، فلم ينفع الدواء، عندما حم القضاء. وأنهكته العلة التي ألمت به، ولم تنجح العملية التي أجراها الطبيب. فمات رحمه الله متأثرًا بعلته، غفر الله ذنبه، ورفع درجته، وأسكنه فسيح جناته، وجمعنا به في جنات النعيم.

مؤلفاته المطبوعة بغير العربية::

-أسباق النحو، جزءان بالأردية، وهو من أنفع الكتب لتعليم النحو والصرف بطريقة سهلة جديدة سهلة عجيبة، لغير الناطقين بالعربية كما ثبت ذلك بالتجربة.

-ديوانه الفارسي.

-وخردنامه، كتاب نظم فيه حكمة سيدنا سليمان عليه السلام بالفارسية القحة لا تشوبها كلمة عربية.

-مقالة في الشفاعة والمفارة باللغة الانجليزية، رد بها على بعض علماء النصارى.

مؤلفاته المطبوعة بالعربية::

-الرأي الصحيح في من هو الذبيح.

وقد طبع بدار القلم بدمشق 1420هـ وهو من أنفس ما كتب في قصة ذبح إسماعيل عليه السلام ومكانها، على كثرة ما كتب في هذا الباب ولعل باحثًا يتصدى لأبرز الأدلة التي عول عليها في كتابه هذا رحمه الله فيعرضها ويجليها.