عُيِّن عام 1908 حاخامًا لمعبد إيمانوئيل في نيويورك. ومع اندلاع الحرب العالمية الأولى، طالب بأن يترجم الإيمان الديني نفسه إلى رفض للحرب واتخاذ موقف سلمي، فأغضب هذا الكثيرين، ومنهم المؤسسة الصهيونية التي كانت تسعى للحصول على وعد بلفور، فاضطر إلى الاستقالة من المعبد ثم من الفرع الأمريكي للحركة الصهيونية (1915) . وهكذا أصبح يزداد ابتعادًا عن الصهيونية الدبلوماسية والعامة (الاستعمارية) بتأكيدها أولوية الدولة، كما أصبح يزداد اقترابًا من الصهيونية الإثنية العلمانية التي تركز على مسائل الهوية والوعي. ولذا، نجد أنه على المستوى الديني يزداد اقترابًا من اليهودية المحافظة. وقد أسس مؤسسة سمّاها القهال (1909) كي تكون إطارًا إداريًا موحَّدًا للجماعة اليهودية في الولايات المتحدة بهدف أمركة المهاجرين. وقد نجحت هذه المؤسسة إلى حدٍّ ما في مجال التعليم ومكافحة الجريمة بين المهاجرين بالتعاون مع الشرطة. ولكنها حُلت عام 1922، ولم تترك أثرًا يُذكَر إلا في مجال التربية.

وفي إطار صهيونيته الإثنية التوطينية، كان ماجنيس يطالب بإحياء الثقافة واللغة العبريتين. ومع نهاية الحرب العالمية الأولى، دعا إلى تنظيم الجامعة العبرية فقام بجمع التبرعات اللازمة ووضع الإطار الأكاديمي، واستقر في فلسطين نهائيًا عام 1922. وحينما افتُتحت الجامعة عام 1925، عُيِّن ماجنيس رئيسًا لها.