ويتم ذلك على فترات ويستغرق وقتًا فيشمل مراحل التعليم كلها في هذه المدارس ويتحصل منه في كل مرحلة على قدرها وفي كل وقت ينمو ويترعرع حتى يغلب على قلب وجوارح الطالب فلا يصدر إلا بأمر الله ولا ينتهي إلا بنهيه متبعًا قول الله عز وجل { وَمَا آتَاكُمُ الرَّسُولُ فَخُذُوهُ وَمَا نَهَاكُمْ عَنْهُ فَانْتَهُوا } (الحشر: 7) .

ولقد أجملت اللائحة الداخلية لمدارس تحفيظ القرآن تلك الأهداف في المادة الأولى منها وهي:

تؤسس مدارس تحفيظ القرآن الكريم في المرحلة الابتدائية، والمتوسطة، والثانوية لتحقق إلى جانب أهداف التعليم العام - الأهداف التالية:

1-النصيحة لكتاب الله تعالى بصيانته ورعاية حفظه وتعهد علومه تحقيقًا لمقاصد السياسة التعليمية في هذا المجال وأهدافها .

2-تربية الناشئ تربية إسلامية تهدف إلى رعاية نموه خلقيًا وفكريًا واجتماعيًا في ضوء العقيدة الإسلامية وتعهد تنشئته ومساعدته على تكوين شخصيته .

3-تزويد الناشئ بما يحتاج إليه من العلوم والآداب والفنون والتدريبات العملية حتى يكون أفراد الجيل مواطنين صالحين مؤمنين بالله مدركين لواجباتهم وحقوقهم معتزين بإسلامهم .