وهي عبارة عن ثلاثة مجالس يتخصص كل منهما في مهمة محددة:

ا- مجلس لشؤون التجارة الدولية في السلع.

ب- مجلس لشؤون التجارة الدولية في الخدمات.

ت- مجلس لشؤون حماية الملكية الفكرية.

وتعمل هذه المجالس تحت إشراف المجلس العام وتقوم بكافة المهام التي تحددها الاتفاقيات الخاصة بكل مجلس وكذلك المهام التي يحددها المجلس الأعلى، وتكون عضوية هذه المجالس مفتوحة لجميع الأعضاء التي ترغب بالمشاركة بها.

4 -اللجان الفرعية:

لقد قرر المؤتمر الوزاري إنشاء عدد من اللجان الفرعية وهي:

-لجنة التجارة والتنمية، وتقوم بدراسة دورية لتطبيق أحكام اتفاقية التجارة لصالح الدول النامية لمتابعتها.

-لجنة قيود ميزان المدفوعات.

-لجنة الميزانية والمالية والإدارة.

وتقوم هذه اللجان بكافة المهمات التي حددتها لها الاتفاقيات التي تم التوقيع عليها وبخاصة الاتفاقيات متعددة الأطراف. كما تقوم بكافة المهمات الإضافية التي يعهد إليها بها المجلس العام، وقد أقر المؤتمر الوزاري إمكانية إنشاء لجان فرعية أخرى كلما دعت الحاجة لذلك. وتكون عضوية اللجان الفرعية مفتوحة لكل من يرغب من الدول الأعضاء.