وقد اقتضت طبيعة البحث أن يقع في مقدمة، وتمهيد، وثلاثة فصول وخاتمة، في التمهيد عرضت مفهوم المحاجة في اللغة واستعمالاتها في القرآن، وما بينها وبين مرادفاتها (المحاورة والمجادلة) من فروق، ودواعي المحاجة وأدواتها. وفي الفصل الأول درست دلالة أبنية الأفعال والمشتقات والمصادر في آيات المحاجة، وتتطلب الدراسة الصرفية في طبيعتها أن ينتظم الفصل في ثلاثة مباحث، تضمّن المبحث الأول دلالة أبنية الأفعال في آيات المحاجة، واقتصر المبحث الثاني على دلالة المشتقات في آيات المحاجة، ودرست في المبحث الثالث دلالة أبنية المصادر في آيات المحاجة.

أمّا الفصل الثاني فقد تضمن الدراسة التركيبية أي دلالة تراكيب المحاجّة وأساليبها، وفيه ثلاثة مباحث، الأول دلالة الجملة الخبرية التي انقسمت ثلاثة أقسام: الجملة الاسمية، دلالتها الأصلية في العربية والدلالات الفرعية التي اختصت بها آيات المحاجة والجملة الفعلية بماضيها ومضارعها وما اختصت به من دلالات في آيات المحاجة والجملة الشرطية وما اختصت به من دلالات أيضًا في آيات المحاجة، المبحث الثاني: دلالة الجملة الإنشائية بأقسامها المتعددة: الاستفهام، والأمر، والنهي، والنداء والدلالات التي خرجت إليها هذه الأساليب في آيات المحاجة، أما المبحث الثالث فاختصرت فيه عوارض الجملة القرآنية في آيات المحاجة وهي التقديم والتأخير والحذف، وأبرز دلالات هذه العوارض.

وتضمّن الفصل الثالث الدراسة البلاغية، أي الدلالة البلاغية في آيات المحاجة، وقد توزع في أربعة مباحث: أولها: دقة استعمال الألفاظ، وثانيها دقة استعمال الفاصلة القرآنية، وثالثها: الموازنة الأسلوبية بين آيات المحاجة، والدلالة البلاغية التي فرضت التغيير بين الآيات المتشابهة. ورابعها: الأساليب البلاغية التي انقسمت قسمين: الأول: الأساليب البيانية التي منها التشبيه، الاستعارة، الكناية، التعريض، الثاني: الأساليب البديعية وهي: المقابلة، التتميم. وانتهى البحث بخاتمة عرضت فيها أبرز النتائج التي توصلت إليها.