افتقارها إلى التنظيمات الخاصة التي تحدد إجراءات التأسيس وقواعد المراقبة والتفتيش وسقوف الائتمان، ومشاكل بسبب الاحتياطيات والسيولة، والتنسيق فيما بين الإدارات وفيما بين المصارف الإسلامية الأخرى.
6 -الخدمات الخارجية:
وهي اتساع نشاط القطاع العالمي الغربي عمومًا والأوربي بوجه خاص أو اتجاه المؤسسات المالية العالمية نحو الاندماج.
إضافة إلى ما سبق فقد ورد بأن هناك تحديات ومخاطر أخرى تواجه المصارف الإسلامية في عملها. (18)
1.وتتمثل أهم هذه التحديات في انعكاسات اتفاق تحديد الخدمات المالية في إطار منظمة التجارة العالمية، وما سينجم عنها من تغيرات في القطاع المصرفي عمومًا على مستوى العالم ومن ثم على قطاع المصارف الإسلامية باعتباره جزءًا من هذا القطاع ما زال حديثًا على الساحة المصرفية.
2.كذلك في غياب المعيارية وعدم وجود أسس عمل مصرفية موحدة لجميع المصارف الإسلامية، حيث مازالت هناك مفاهيم غامضة حول بعض المعاملات المالية الإسلامية من حيث كونها حلالًا أم حرامًا، نظرًا لعدم وجود رأي شرعي موحد بشأنها من قبل علماء الدين الشرعيين.
3.وعلى الرغم من محاولة صناعة الصيرفة الإسلامية تطوير أدواتها وخدماتها بالأساليب التقنية الحديثة إلاّ أنها لم ترق بعد للمستوى التقني الذي تستخدمه المصارف التقليدية.
4.وعلى الرغم من اختلاف توجيهات المصارف الإسلامية وعقود تأسيسها ونظمها الأساسية واختلاف طبيعة عملها وخدماتها وأدواتها عن المصارف التقليدية إلاَ أنه مازالت تطبق عليها المعايير والضوابط المالية نفسها الملزمة لعمل المصارف التقليدية من قبل السلطات الرقابية والتنفيذية في معظم الدول التي يوجد فيها مصارف إسلامية.