وذلك من حيث تناقض الفتاوى لدى هيئات الرقابة الشرعية في المصارف الإسلامية مع تعددها، ومابين الهيئات الرقابية الخارجية وبين فثاوي الحاجة المصرفية والحياة الاقتصادية، ومابين الواقع والتمسك بالأصل الشرعي، يلاحظ أن بعض المصارف الإسلامية تعمل على تطويع المسائل الفقهية بما يناسب وعملها المصرفي وقد تصل أحيانا إلى التساهل والتفريط بدافع الحرص على ديمومة المصرف الإسلامي.

2 -التحديات التي تواجه المصارف الإسلامية من النواحي القانونية:

وتأتي هذه التحديات من خلال عدم اعتراف البنوك المركزية بالمصارف الإسلامية في أغلب الدول التي تعمل في نطاقها، وذلك لأن معظم قوانين التجارة قد وضعت وفق النمط المصرفي التقليدي وتحتوي أحكاما لا تناسب أنشطة العمل المصرفي الإسلامي.

3 -التحديات التي تواجه المصارف الإسلامية من النواحي الاقتصادية:

وهي منع المصارف الإسلامية من ممارسة الأعمال التجارية وامتلاك المعدات والعقارات واستئجارها وتأجيرها مع أن تلك الأعمال هي من صميم أنشطتها، وندرة الاستثمارات طويلة الأجل، وصغر المصارف الإسلامية نسبيا، كما ان فرض الضرائب المرتفعة على أرباحها يؤثر سلبا على نشاطها في الوقت الذي تعفى فيه فوائد المصارف التقليدية.

4 -التحديات التي تواجه المصارف الإسلامية من النواحي التشغيلية:

وهي إلزام المصارف الإسلامية بضرورة الاحتفاظ بنسبة من ودائعها لدى البنوك المركزية التي تقوم بدورها بإقراضها بفائدة وهو مالا يتفق مع منهجها الإسلامي، إضافة إلى ضرورة توفير الكادر الشرعي الكفء وذا خبرة لمواكبة الزيادة والتنوع في أدوات الاستثمار وتوسع آفاق المصارف الإسلامية.

5 -التحديات التي تواجه المصارف الإسلامية من النواحي الإدارية: