وقد بقي هذا الاسم متداولًا بين المسلمين حتى يومنا هذا، مستخدمين اسم المسجد الأقصى المبارك؛ للدلالة على القسم المغطى من المسجد الأقصى أحيانًا، وللدلالة على الجزء الشريف أحيانًا أخرى. كما وعرف الحرم الشريف باسم الحرم القدسي.

ومما يجدر ذكره أنه لم يطرأ أي تغيير على حجم مساحة الحرم الشريف عبر عصور التاريخ الإسلامي المتعاقبة، وحتى يومنا هذا.

وللحرم الشريف أربعة عشر بابًا، أربعة منها تم إغلاقها بعد الفتح الصلاحي للقدس كإجراء أمني لحمايته وهي: باب الرحمة الواقع في الجهة الشرقية، والأبواب الثلاثة المعروفة أثريًا بالمنفرد والمزدوج والثلاثي، الواقعة في الجهة الجنوبية للحرم الشريف، وأما الأبواب المفتوحة فهي على الترتيب:

في الجهة الغربية:

ـ باب المغاربة (المعروف أيضًا باب النبي) .

ـ باب السلسلة (المعروف أيضًا بباب داود) .

ـ باب المتوضأ (المعروف أيضًا بباب المطهرة) .

ـ باب القطانين.

ـ باب الحديد (المعروف أيضًا بباب أرغون) .

ـ باب الناظر (المعروف أيضًا بباب علاء الدين البصيري، وباب ميكائيل، وباب الحبس وباب المجلس) .

ـ باب الغوانمة (المعروف بباب الخليل وباب الوليد) .

في الجهة الشمالية:

ـ باب العتم (المعروف بباب شرف الأنبياء وباب الداودية وباب فيصل)

ـ باب حطة.